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ハピメア FD，不但是Fan Disk的FD，同時也是 Fragmentation Dream簡稱的FD。Fragmentation Dream顧名思義是破碎的夢，而這次的故事就是要收集這些破碎的夢把它們整理好。順便一提，故事是緊接著有栖End 2的，所以男主是喜歡著有栖。
故事一開始，便是從男主的角度來描述無印本傳最後的有子出院事件，不過這次有子的眼睛並沒有變成紅綠異色瞳，依然都是原本的紅眼，沒有有栖的綠眼。
之後便是男主帶著她到學校上課的日常。但是男主發現周圍的女主不知為何好感度好高阿，尤其是景子，應該是只在夢中認識的，但現在在現實中也認識男主，而且好感度就是很高，還有弥生也再次跟男主告白。於是男主睡覺時，再次來到了從本傳以來的噩夢房間，還遇見了舞亞。
舞亞說了，你以為噩夢結束了嗎? 還沒呢! 現在所在的世界其實還是在某個人做的夢裡，而現在大家都有著所有個人線的記憶，所以造成了混亂的狀況。如果男主要結束夢境，就需要把夢的碎片都整理好。
之後，男主再次把本傳中的女主集合到噩夢房間說明了現在的情形，舞亞還讓有子體驗了一下夢境。不過本傳中的大魔王，現在卻是弱的可以。之前，只要有子發現大家快醒過來時，就會指使有栖把他們推到門的另一端，讓他們繼續做夢，但現在的有子已經被改變，沒有當時的記憶。
接下來，就是多的可怕的夢了(如下圖，一個門就是一個夢境)。看來應該是類似Fate/HA，雖然有條主線，但是日常的片段很多。
