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一進線，便是男主把時乃幹掉的劇情。時乃當時因為第142次實驗的事外出，並沒有把被稱為SSD的超強女僕帶在身邊，所以男主可說是地雷加手槍就殺得輕鬆愉快。
可以說是學園第二把交椅的時乃死後，後遺症便顯現了出來。首先第142次實驗，也就是昇華成HMI藥物的實驗，造成了兩人死亡，一人(草芝多英)失蹤。學園接到消息，此人成為了失控者，需要趕快找到正在藏匿的他。但學園卻出了下策，就是讓領舞級跟明星級的學生一起出動，這麼多人不但效果不好也容易失控。所謂的失控者，就是失控且對其他HMI有強烈攻擊慾望的HMI。
另一方面，男主也遇到了危機，就是殺完時乃回來時被エル看到了。但男主秉持著不應認為礙事就把別人殺掉，所以只是跟エル打哈哈回宿舍。但男主覺得很奇怪: 自己一直在意提防，不可能都離這麼近了還不知道有人在身邊; 而且，自己時不時的把エル看成自己已去世的妹妹。
之後，空子開始生病，朔不知為何常常獨自外出，而エル常常來找男主玩。某天晚上，エル突然來男主的房間請求男主幫幫朔，說是朔為了調查美鳥退學的原因而跟自己疏遠，這樣的朔讓エル看不下去。
男主很願意幫助真心為了朔著想的エル，而且調查這件事很可能可以逼近學園的秘密，成為幹掉黑船的武器。不過エル不知道為什麼，強硬的跟男主上床，而且男主還無法抵抗。
接下來，尋找失控者的活動開始了。但男主懶得認真找，反而在意起エル的古怪性格。エル可以說是事事都聽朔的，即使被エル想追上朔被拒絕也照聽，所以才來向男主求助，但這跟エル擔心朔的行為矛盾。所以--男主懷疑這整個事件，包括跟男主求助，都是朔的指示。
下午，男主跟エル一起跟女僕菱吾會合，聽取了菱吾對朔的調查。原來朔外出時都在調查"206事件"，這是發生在幾年前的獵奇殺人事件，而男主被本地人的エル去了案發現場，男主還像是用了geass一樣，只說了一句話便從警員調到相關資料。
男主發現了一些疑點。首先，三樓的牆壁上留有足跡，這很可能是HMI辦到的，而不是普通的獵奇殺人; 二是エル聽到"206事件"的奇怪反應。問了エル才知道，206事件的死者，是エル的"所有者"。
エル出生的鷹崎家，代代侍奉於某個家族，把"道具"送給他們使用。所謂道具就是天生的HMI，但エル雖然也是天生HMI，卻是個"殘次品"。在206事件後，エル被新的擁有者，轉送到這所學校。而朔，則是エル認定的新的擁有者。男主才理解到自己察覺不到被エル靠近，是因為エル一直把自己當作物品，所以幾乎沒有存在感。
而エル還說了，在發生206事件前，自己的擁有者覺醒了HMI。
之後雖然男主準備去殺桂木 新山，但是被エル發現，但エル也沒說什麼，還可以保守秘密，但殺人這件事沒下文。但更讓男主在意的是菱吾拿來的資料，是奧志麻市最近的事件，內容是206事件後常常會有年輕人突然死去，接著附近又會有幾人步上後塵一般死亡，幾個月後，又會在發生一次同樣的事件。
之後男主找了大義幫忙調查菱吾的資料，大義就好像理所當然似的進入了時乃的房間，調查到了跟珠緒線一樣的事--這是成為HMI的藥物實驗造成的後果，但奧志麻市周遭的死亡率特別高，去掉因過程中死亡或成為失控者，剩下的通通以"意外"結案。得到的結論是，有人一直盯著可能成為HMI的人進行殺戮。大義還提到了"魔化症"，有別於精神疾病的失控症，魔化症是完全被halo吞噬，身體會產生變化。
身為HMI家族的エル也對男主說了，在自己的家族，魔化症被視為反祖現象--被稱為原初個體，但エル姐姐真正魔化後，卻不得不處理掉，因為不受控制又太強。
但到了隔天，一個學園裡的HMI死了，使得黑船召集明星級，給了無限的外出許可，希望趕快追捕到案。奇怪的是，朔卻一直不在，等到黑船都找完人了才來學校。來了也只說是發燒，於是眾人讓朔去休息。
好了，現在有三個線索: 206事件後，連續數年的時間有一個人一直在殺HMI，第二，這次的搜查出動了200個HMI，依然找不到犯人，第三，這次死去的學園裡的HMI。
於是男主調查到一半，回到宿舍去找正在休息的朔，卻發現她身上氣氛不對，跟她進行了一番奇妙的對話後，男主很確定--朔就是犯人。
男主回到時乃研究室，跟大義及エル兩人說了真相。剛好，大義也有物證--在朔的鞋子上採集到的不在學校生長的植物，而一開始在實驗犧牲的兩人的陳屍地點也有這種植物。
所以，大義你為什麼會因為懷疑就去採集朔的鞋子上的成分??
決心拯救朔的男主，跟一起去的大義準備邁開腳步時，大義卻被エル槍殺了。原來エル就是被朔派來監視男主的動向。正當男主發現這一切，想先制服エル時，卻一瞬間看到自己妹妹的幻影下不了手，結果自己也中了一槍。
原來エル的halo--仲夏夜之夢八，是跟別人的愛同化的能力，而為了可以讓能力發揮效用，就不能有太穩固的人格，這就是エル被當成道具的理由。但下一次的槍擊，男主藉著告訴自己妹妹已經死了，抵抗エル的halo，順利把她弄暈。
等到男主醒來，已經被エル治好了。這時的エル，已經決定遵循自己的內心拯救朔。這時不知道為什麼還來了個H場景，欸，槍傷耶大哥。
完事後睡到一半的男主突然醒來，靠著自己的直覺走到了校長室，發現已死亡的校長跟被重創的大義。挖大義你真衰耶，白天槍傷晚上肚子又被打出洞wwww
從大義的口中知道這慘狀是朔幹的，於是兩人又跑跑跑，剛好找到了要給珠緒最後一擊的朔，展開了決戰。原來朔竟然有五個halo，這時的朔不但可以讓所有攻擊喪失速度，還可以破壞對方halo。就當男主發現沒勝算時，就由エル上。在エル對朔使用halo時，才知道了兩人的過去。
之前說過，エル的halo，在使用者本人越沒自我才越有用，再加上之前halo力量太強，所以在剛來到學校的時候連自我認知都很模糊。朔為了幫助エル，利用自己的halo把エル的halo拿走一半，halo減弱再加上跟エル一起體會生活，才慢慢讓エル有現在的人格。
對決的結果，因為朔破壞halo的作用使得エル七孔流血，但勉強被拉出來的朔的原來的人格總算是把握了時間自殘，讓自己回復原狀。
結局，朔半身癱瘓失去記憶，不但記憶力衰退嚴重交流能力低下，就連halo也全部消失，不過也可能是這個原因，朔沒被檢查出有魔化症。最後朔退學被家人接回，エル在男主的鼓勵下笑著目送。
