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OP過後，ツバキ突然穿越時間，來到了去年的6月1日。這一天，是男主第一次認識八乙女的日子。
之後時間跳到了7月23日，已經跟八乙女熟識的男主跟基友到八乙女家玩，在男主跟八乙女喝醉，基友離開後，兩人莫名其妙的H了一次。
到了當天晚上，ツバキ因為八乙女念的布瑠之言與招神秘詞而醒來。原來ツバキ是男主的隱藏人格，要用布瑠之言與招神秘詞才能覺醒，但不是任何人都可以，而是只有宗家的烏森。所以ツバキ覺得奇怪，為什麼應該跟宗家無關的八乙女也可以。
醒來的ツバキ看了一下時間，立刻知道自己跳躍到了一年前，並對八乙女說了自己已在明年聽了有關JZ4的事。八乙女當然完全不知道ツバキ在說什麼鬼，不過兩人繼續一問一答說了下去。
首先，八乙女說了雖然有給機關的長官跟同僚看過ツバキ阻止核武器的動畫，但卻沒人覺得這些死去的人是同一人，即使用偵測軟體也測不出來。不過阻止核武器是JZ4的主要任務，於是八乙女還是被派遣接近男主。
但是ツバキ又拋出問題了。雖然ツバキ也確認了許多不同影片中死的是自己，但除此之外，注意到這件事的就只有八乙女--可以得出這推論，是因為如果許多人注意到，早就成騷動了。所以ツバキ的疑問是--八乙女到底是什麼人。
八乙女說了，自己雖然有過去的記憶，但直到進入JZ4前，對這些記憶都沒有實感，感覺不像是自己的記憶。接下來ツバキ做了一件嚇人的事: 把針插入自己腦袋。把針拔出來後，ツバキ提示了八乙女--一個女高中生可以進入諜報機關是不正常的，但既然是諜報員的八乙女出現在這世上，那麼這世界也會隨之改變，成為大家對諜報員的八乙女不感到疑問的世界。
這裡引出了一個重要的設定--世界的規則或常識，是會因為一些行動而改變的。ツバキ把針插入腦袋，是為了想起世界被改變前的記憶。因此，這世界有複數個過去跟未來(平行世界)，而八乙女做為諜報員送來這世界喚醒ツバキ，這行動也改變了世界，八乙女會對自己的記憶抱有違和感，是因為這是別的平行世界的八乙女的記憶。
不過ツバキ得一些記憶被封鎖了，所以完全不記得自己有到處阻止核武器。
但談到一半，烏森便闖進來扁了ツバキ一頓，ツバキ反擊後，才和八乙女一起逃跑。之後，男主醒來時，已在一個奇怪的空間內，跟辻花在一起。
過不了多久，發現了在睡覺的八乙女跟不知何時出現的更紗。大家從設備推論這裡應該是自衛隊的機構，而無法出到外面去的眾人只好留在裡面等待救援，幸好，還留有許多用水與更紗最喜歡的罐頭，於是大家又聽從更紗的建議搞起了プレッパーズ。
過了幾天後，八乙女又用祝詞把ツバキ喚起。原來在之前ツバキ跟八乙女一起逃跑時，是八乙女把ツバキ帶到了這自衛隊已廢棄的設施，同時也是JZ4的一個隱藏據點。而ツバキ一醒來就覺得不對勁--這世界在兩人逃跑後又發生了改變。最明顯的，是辻花跟更紗不知道為什麼也跑到這裡來了。
ツバキ對八乙女提出了逃跑前想到的三個問題: 為什麼八乙女可以喚起自己、自己是受誰命令去破壞核武器、是誰封鎖了自己的記憶。不過之後的對話則是扯了許多無關的，像是這基地內，發現了小型核武，以及ツバキ這人格是男主的「從屬」。確定八乙女喜歡男主後，還咬了她。之後，不曉得為什麼ツバキ就猜到了以上三個問題的答案--通通都是自己的意志，ツバキ就把意識與身體還給男主了。
下一幕，就又突然回到學園生活，只用一句帶過男主跟八乙女去拆了炸彈。而這學園生活從一年前基友暴露自己是同性戀開始，希望男主創一個新社團。當然，這次沒有跟遊戲剛開始時一樣多拖一年，而是找了辻花跟更紗一起成立了プレッパーズ部。
接下來是很突然的告白與H，兩人回家的路上，遇到了太陽嵐，果然如JZ4預測的一樣全國大停電，男主跟八乙女又回到了那自衛隊廢棄設施。如果男主沒覺得不對勁，只想跟八乙女在一起的話，就會回到標題畫面。
