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男主依然選擇要去破壞存在在靈魂界的母法石，就會揭開真正的真相。
男主順利的用自己的靈魂去衝擊地下聖堂的母法石，但卻發現自己的靈魂沒有消散，而是被關在母法石裡面，而這時--ユミ出現了。
在2018年跟男主一起末日求生的人，只有兩個人沒找到轉生體--基友的篤志跟男主的青梅竹馬星原 美由紀。篤志其實就是身為女性的校長，而美由紀就是ユミ，而且不是轉生體，這800年來一直都是同一人。
原來2018年時撿了碎片的不只是男主，美由紀也是，不過沒拿來研究，而是當成裝飾品戴在身上，不知怎的就跟身體融合在一起，有了無限的魔力、不老不死以及可以無限次數使用的洗腦能力，同時更是母法石意志的代行人。
在美由紀的操控下，建立了現在的魔法國家跟制度，自己則是永遠的女王。不過美由紀會利用洗腦讓別人當女王，讓自己可以逍遙，所以在alive的2周目時，政變派才會說女王是假的。當然，之前說的魔女戰爭，以及王國裡發生的所有大壞事，幾乎都是美由紀為了排遣無聊幹的。在800年孤獨的生活以及母法石的影響，讓美由紀的人格扭曲，成為草菅人命的性格。
男主的靈魂被關住一段時日後，某天男主對美由紀說了一些假消息，讓美由紀衝去找校長。已經被校長帶著的羅德察覺有異，趁著美由紀追校長時，找到了アキナ，到了地下聖堂發現了男主，也發現了這母法石是美由紀假造的。
之後讓男主的靈魂取回原來的身體，就開始了意想之內的幹翻boss劇情。只要把美由紀打倒並破壞她身上的母法石，母法石就無法繼續侵略人類。
最後當然是大家的神之配合，5打1把美由紀打敗。最後美由紀被母法石囚禁的良心顯露出來，跟男主道別後全身崩解消失。
