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total: 3hr 25min
接下來的場景，突然跳到了之前線路曾經抓走男主的女生--星 まりす跟一隻貓的對話。貓帶來的消息是，「巫女」判定男主危險性高，需帶回基地處置；不過星認為如果真的那麼危險，乾脆在這把男主殺掉即可。
之後就是男主跟ロミ之間的同居生活，這是因為ロミ看男主之前狀態不太好，所以想跟男主一起住直到男主好轉為止。之間發生的事件有考試，結果男主還是沒得第一，甚至掉到第三，第一名還是ロミ，第二名則是星 まりす。突然殺出一個程咬金讓男主覺得很慌，沒想到連佳純都知道。
日常故事還有跟大家一起去唱卡拉ok、跟ロミ聊天，像是ロミ打過很多工之類的。某天，男主發現ロミ的生日是9/11，快要到了，所以男主秘密聯絡的科學特搜部的成員想為她慶祝。
而這位星 まりす，把男主約到屋頂，二話不說就刺了過來，一樣就是說什麼男主是世界之敵，結果男主就用了鯨魚的力量，把まりす打退。但也因此昏倒到了晚上，無法參加ロミ的生日宴會。
經過這一次事件，男主決定要去小笠原群島一趟，認為那邊一定有真相，ロミ也決定一起去。跟社團的大家說了以後，大家也都說要去，就變成大家一起出遊。至於男主覺得有真相的原因，是因為小笠原群島正是七年前跟ロミ相遇、遇到爆炸、接觸到鯨魚的地方。更準確的說，是小笠原群島中的生態研究所。
去小笠原群島的船上，唯々菜又突然出現，大家的對她的記憶也都恢復。到了島上，發現まりす也在，唯々菜也勸男主不要去生態研究所，但這反而讓男主更堅定要去。
睡了幾個小時候到凌晨，男主跟ロミ到了生態研究所。結果先是遇到了會說話的貓--メシア，說明了多年前降落的彗星並不是彗星，而是外星生命體。這外星生命體把外星文化、高度的知識水準也一起帶了過來，以鯨魚的形式存在於海底。當時被彗星波及的生態研究所，也從研究動植物轉而研究彗星。
而男主在島上玩的某天，剛好遇上了爆炸掉到海底接觸了鯨魚，才有了從遊戲開始到現在許多鳥事。
在貓說完後，まりす又殺了過來，這一次男主在ロミ的掩護下逃走，被sigma勸了一頓又回去，使用跟鯨借來的力量，讓メシア跟まりす嚇到，決定用導彈把男主炸死。最後，男主為了保護ロミ，又用了鯨的力量，之後消失了，線路也結束了。
