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12/01 [22:00-22:35] 12/02 [23:40-00:00]
12/03 [23:00-23:20] 12/04 [21:45-22:50]
total: 4hr 05min
開頭，是男主的過去。
男主的父親愛內浩太，因為證明了靈魂的存在並轉移到人工腦上而聲名大噪。這時的小學生男主，也遇到了把自己第一名寶座搶走的比村茜。後來男主發現她真的很厲害，也常常跟她說話。
之後，因為男主父的實驗大家根本無法再次成功，開始懷疑論文是捏造的。男主決定找唯一相信自己的茜，去小笠原群島找可能幫助父親的人--鄉田叔叔。鄉田當時在生態研究所工作，而當時的生態研究所，已經是研究彗星相關的重要地點。到了島上，男主跟穿泳裝的茜玩，發現她背部的傷痕，進而知道被家人虐待，以及她家庭的內幕。講簡單點，就是小時候茜表現的有點笨，這讓父親失望的離開家，母親開始對茜很不好；等到現在茜又突然很天才了，茜的母親又心理不平衡。
之後男主帶著茜，又是搭船又是自己划船的，終於到了生態研究所所在的島，卻發現研究所燒了起來，還出現了一個名為巫女的機器人、還有人拿槍射兩人。於是男主跟茜又趕快上船逃跑，但卻掉到海裡，男主就這樣遇到了鯨魚拿到了鑰匙。
醒來後不知為什麼已在小笠原的本島岸上，兩人就回家了。在車站遇見的茜的母親超兇的，男主就把茜拉走，拜託自己認識的旅館主人有村讓她住下。至於男主自己，則是興奮的想把鯨魚的事告訴父親，一踏進屋子，卻看到上吊的父親。
接下來，就是故事的正式開始--故事其實是接在男主動用鯨魚力量擊落導彈後。男主其實已經死了，這時的sigma告訴男主，男主的靈魂現在在鯨的身體裡，如果想跟外界接觸，可以利用男主房間內，男主老爸留下的有人工腦的機器人--愛因斯坦。
sigma其實就是外星文明的導航AI。sigma又告訴男主，自男主消失後，彗星機構依然想根除後患，不知為何想對ロミ出手。所以男主需要用靈魂接續愛因斯坦跟彗星機構戰鬥，就和忍線的後面一樣。不過sigma也說了，男主這個沒有肉體只以靈魂的形式存活是不會長久的。
之前也提過，鯨魚其實是文化結晶。不知道為什麼，只有男主可以接收到鯨魚的訊息，因此被成為了鯨魚知識的傳承者，擁有著是否要用鑰匙開啟新世界的選擇。如果開啟新世界，鯨魚內部的力量會擴散，使得世界上9成以上的人死亡，而活下來的人，將會是可以發展新文明的新人類。而彗星機構，就是阻止這樣的事態發生。
於是男主操縱愛因斯坦對打了メシア(就是唯唯菜)。但這時傳來了驚人的消息--新世界的門被打開了，正是愛內周太。沒錯，男主其實有兩個。
衝到了鯨魚裡面，跟周太說話才知道了真實--原來周太內心一直有著想打開新世界的慾望跟想維持這世界的想法，這兩種矛盾，現在存在愛因斯坦內的靈魂是後者。總之，男主聯合メシア把打開新世界的周太打爆，之後彗星飛上天，世界免於一場災難。而即將離開的sigma也說了男主很了不起，沒多少人能夠抵抗這種知識的誘惑。sigma說了，鯨魚其實是侵略宇宙其他星球的一個裝置。
但失去鯨魚的男主，只有靈魂的狀態並不能持續太久。ロミ背著記憶退回到當初跟著ロミ第一次來島時的愛因斯坦，遇到了男主的叔叔--鄉田，沒想到鄉田竟然保存著男主完整的肉體。
原來當時男主徒手擋導彈後，身體只被燒了一半，就被星まりす回收，利用彗星機構的技術重新培養出燒壞的身體。而彗星機構的技術怎麼這麼厲害? 就要提到彗星機構的領導者--巫女。
要說到巫女的由來，就要說到生態研究所。當初鄉田其實是研究AI的，突然被叫來生態研究所研究彗星，不知為何，就做出了一個擁有明確自主目的並學習相關知識的AI--命名為巫女。巫女實在是太過厲害，所以被管制的很嚴，但依然透過網路創立了彗星機構，以「讓世界更美好」為目標行動，而鄉田，就是巫女的第一個狂信者。所以當巫女因男主父親的研究太過危險，要鄉田殺害男主父親時，鄉田也照做。
現在男主取回了身體，鄉田也依照巫女的命令，要男主到彗星機構，男主拒絕就掏出真槍。但這時理應沒有靈魂的愛因斯坦卻啟動--原來男主父親的靈魂依然存在著，保護著兒子，剛好點題アインシュタインより愛を込めて。
後日談，是不知消失到何處的ロミ，寄來了整修後的愛因斯坦。
