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經過了基地防衛戰，A-01實質能戰鬥的人員只剩下了一開始的五小強與男主，能出擊的機體不到二位數。但這時，卻要在完全不休息整備的狀態下，發動最大作戰--櫻花作戰。
櫻花作戰是集結目前所有兵力對原初巢穴--甲一號進行攻擊，而男主這一小隊與新完成的淒乃皇四式，將要擊破原初巢穴的大腦--A號目標。
為何要這麼匆匆忙忙的進行這麼大規模、這麼重要的決戰? 原因在於上一次戰役，已經發現了BETA會反讀取人類的戰術、武器等等，而過去的研究是19天後反制人類的資訊就會傳給所有巢穴。而擬定、傳播戰術的，正是A號目標。而且因為S11炸彈的弱點這麼快就被知道，可知19天也已經不靠譜，只有盡快幹掉元兇，才不會連G彈都沒用。
接下來戰鬥之熱血、慘烈、感動，只有親自玩的才能完整體會，blog主文筆實無法展現其萬分之一，寫再多都沒用，於是割愛。下面只說個人比較印象深刻的部份。
這一次大家都搭上了月詠中尉小隊的武御雷出擊，而男主則是和純夏、霞一起搭淒乃皇四式。而出擊方式是由大氣層直接突入巢穴入口，之後由男主一隊獨自攻略，面對數十萬隻BETA。
大家都為了能護送淒乃皇到A號目標，不約而同的說謊、偽造信號等等，不讓男主擔心。首先是彩峰跟榊自爆、面對連要塞型都能產生的新型BETA，小珠也是戰到最後一刻，美琴也是自爆。跟男主撐到A號目標只剩冥夜。
A號目標--這裡叫它boss好了，果然不一樣。觸手一伸就可以突破淒乃皇的力場，把淒乃皇的炮擊能量通通吸走，還讓純夏回想到當時被凌虐的噩夢，造成純夏回到00單元剛完成時的狀態。因為觸手直接接觸機體的關係，所以霞可以發揮能力，成為boss的傳聲筒跟男主對話。看到boss拎著小珠的屍體，要男主證明碳基是生命時，男主抓狂暴怒，同時也明白到根本無法講下去。
接下來，男主靠著霞的能力，跟純夏的深層意識溝通，希望可以儘快恢復原狀；同時，冥夜趕到，獨自一人應付boss的攻擊。即使機體全身碎裂、身體遭到boss觸手侵蝕，冥夜還是懇求已經恢復機能與能量的淒乃皇，要男主把自己連同boss一起炸得粉碎。
男主最後還是開砲了。而之後才發現因為橫濱基地反應爐被關閉，所以純夏無法進行ODL淨化，從此無法醒來；也就是說，進攻A號目標的小隊，僅存男主與霞。而男主從霞那得知，自己已經不再是因果導體，也不能再存於這alternative世界上，會回到被重構的EXTRA世界。
回去後的男主，失去了alternative世界的所有記憶；而這個世界，除了冥夜以外，連悠陽、霞也是轉校生、尊人也變成美琴。
