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total: 4hr 25min
再次夏篇的重開，叫做真夏篇。男主想起了Linne，被鎮長追到累癱時看到凜音，沒有再自稱切那並挾持，但凜音依然再次用一樣的謊言包庇了男主。
知曉了夏篇所有三條路線的男主，在隔天紗羅過來凜音家時，主動邀請她晚上來一起吃晚餐，跟凜音好好認識一下。出去買晚餐食材時，看到了正在看本島招募廣告的夏蓮。男主在告誡夏蓮不准去應徵色情行業時，就又被警察小哥太郎抓去，不知為何連夏蓮都一起來，之後男主說服小哥馬上放棄跟夏蓮之間的婚約，順便問夏蓮要不要來凜音家打工。
離開警察局，換成萬里愛正在看夏蓮剛剛看過的廣告，被男主一陣猛烈的吐槽與抬槓後，男主被萬里愛拖進去診所抽血；而男主也邀萬里愛晚上去凜音家的晚餐會。
晚上，萬里愛扮裝成玖音參加了派對，夏蓮換上了女僕服，連太郎都來了。過了一段時間，不習慣太吵鬧的男主到海邊散步，凜音來跟男主說話。玖音、萬里愛都來了，而玖音認為，凜音之前在等的人，就是男主。
隔天，男主跟凜音去刨冰店想吃刨冰，中間兩人在紗羅家休息了一下。而兩人找到了一張10年前的照片，剛好把當時的3人照在一起。注意一下，雖然凜音自稱17歲，長的也像17歲，但有5年是冷凍睡眠，所以10年前不是7歲，而是12~13歲，而經歷過冬編故事的男主，馬上發現照片裡的凜音，跟Linne長的一樣。
好不容易到了冰店，凜音卻馬上昏倒，趕快把凜音扛到島上診所，知道是中暑才放下心。而護士有馬--也就是萬里愛，說明了自己在本島對煤紋病的研究。煤紋病是伴性遺傳，病原基因在X染色體上。萬里愛已經發現了病原基因，現在已經可以透過檢測知道人有沒有煤紋病，這就是之前萬里愛動不動就抽血的原因。而男主看到了患病者有御原典正，以及--御原切那。
晚上男主去找了在海灘上散步的凜音，把夏編、冬編及白天得到的所有線索，對著眼前的這個女孩子做一個了斷。萬里愛提供的檢查結果，凜音並沒有煤紋病，由此可知凜音跟御原家沒血緣關係，因為女生其中一條染色體會從父親過來。凜音就只是島民為了延續御原家的血脈，而把偶然漂流到這島的女孩奉為繼承人而已。但不管怎樣，男主愛上了現在的這位凜音。
之後會播ED，再來是大家幸福的生活。向玖音報告要結婚的事情時，如果選擇要讓凜音幸福，就會有結婚典禮。
向玖音報告要結婚的事情時，如果腦袋想著要讓Linne幸福，玖音會看穿並抓狂。之後男主遇見萬里愛，男主便問了玖音是什麼樣的人。
萬里愛這才說的比凜音線玩家所知道的更多。在凜音線已知道現在的玖音其實是以前的女僕，而萬里愛揭露女僕以前大家都叫她小空，因為她失去了以前的記憶，而女僕很疼愛凜音，讓真正的玖音不爽，之後虐待凜音。直到10年前，玖音帶著凜音從懸崖跳海，凜音3天後被找到，而隔一個月後本土港口出現身分不明的女性遺體，猜測就是真正的玖音。而跳海事件過後，女僕便被典正指名，成為了玖音，而這時的凜音營養不良、性格內向、還失去了一部分記憶，現在的萬里愛回想起來，這應該是遭受虐待造成的PTSD。
之後，男主接受桃香的邀請，到海上基地工作。而桃香帶著男主到了過去發現凜音沉睡的地方，男主發現這就是冬編時，Linne的工作室，也發現了當時Linne做的椅子的殘骸。冬編時，Linne曾呢喃說定時器的設定是20000年；桃香經由男主說的故事以及對椅子的調查，說明了凜音所乘坐的裝置，跟這裡看到的椅子，內部電路是差不多的，也就是說，這椅子也是冷凍睡眠裝置。而桃香做出大膽的假設: 地球的冰河期與非冰河期是20000年一個週期，所以距今(1999)的40000年前，可能技術水準是跟現在差不多的。
男主回到家見了玖音，直接進了她的房間，看到地板上散亂著懷念的設計圖--就是冬編Linne畫的一樣的設計圖，這才確認玖音才是Linne。玖音早就恢復了跟男主之間在冬編的記憶，但現在玖音只想完成時間機器來完成冬編時許下的拯救世界的誓言，沒有想跟男主再續前緣。據Linne的想法，冷凍睡眠裝置只是時間機器的副產物，因為時間的本質是振動，如果有一個東西可以抑制零點震動，那這東西理應能回到過去；而冷凍就是抑制震動的其中一個手段，但是還不夠。
9月底，男主再去暴龍島。這一次男主再次動用冷凍睡眠裝置，希望可以睡到玖音完成時間機器。到了暴龍島卻發現凜音也在，男主把有設計圖的光碟給了凜音，希望她能轉交給玖音。之後男主在桃香的幫助下陷入睡眠，而在那之前，男主看到了裝置上Linne的筆跡，寫著Setsuna跟Linne，還有其他許多語言的字，但一樣是Setsuna跟Linne。男主這才頓悟，輪迴早已進行多次，而這一次定時器一樣設定20000年，地球再次迎來冰河期，男主自然再次見到Linne。
