11/07 [20:10-23:20] 11/08 [15:40-16:50][17:35-20:50]
11/09 [18:40-21:20] 11/10 [18:45-21:15]
total: 12hr 45min
故事的開始，是男主天王寺 瑚太郎放基友吉野的鴿子，禮拜五沒去決鬥，就這樣開心混時間到了禮拜天晚上，卻突然接到了住在附近的神戶 小鳥的母親的命令，說小鳥一直沒回來，要男主去找。男主後來到森林找到了睡著的小鳥。晚上睡覺時，男主感覺手有被緊抓的感覺。
禮拜一10/4，男主一早打電話問小鳥要不要一起去學校，但小鳥才剛起床，就想算了，而之後小鳥的確遲到了。另外，原本聽說今天有轉學生，但早上班會時還沒來。男主中午午餐時，聽到了一陣摔倒的聲音，看到一個女孩子掛在樹上下不來。原本請求男主幫忙，卻又怕被看到內褲而抵抗。
好不容易救下來後發現是轉學生，帶著許多紙箱行李。原本男主想幫忙，卻發現她的紙箱超重，抬不太起來，但轉學生卻拿的很輕鬆的樣子。轉學生也發現男主似乎很吃力，便跟愛面子的男主搶著拿回來，紙箱卻撕破，轉學生再次滾落斜坡掛回樹上摔下來，被路過的救護車發現送到了醫院。男主之後拿了推車把轉學生的行李推到學校裡，跟班導解釋狀況時轉學生出現，這才從老師的稱呼知道轉學生姓鳳。
放學後男主去面試月刊的筆者打工，照照相寫寫記事。為了這份打工，男主想去買數位相機，中途遇到男人好心對男主說男主想要的相機是仿製品，順便問了男主的名字，卻喃喃自語，好像認識男主；男主雖然眼熟，卻不記得對方是誰。
10/5，鳳正式轉入男主班級，名叫ちはや，不但坐男主後面，老師還要男主帶ちはや去參觀校園。結束後男主被新聞部井上擋路，問男主是不是走後門入學。一陣瞎扯後井上離開，男主撿到了井上掉的小紙條，上面寫著要注意人物，第一名是一個叫千里朱音的人。回到教室後，小鳥看到這張紙條，說這個朱音很有名，男主也被挑起了興趣，便找了幾個人一起調查一下。最後找到朱音所屬的超自然研究會的10年前的舊會刊，連絡到過去的會長，得知超自然研究會的秘密部室。部室可說豪華到了極致，不過朱音不在，所以男主在紙條上留言。晚上睡覺時，男主發現棉被裡似乎有人影。
10/6，中午一個女孩子對男主吹哨子。不過哨子吹不出聲，男主幫她清掉了積水，隨後女孩子說男主在走廊上奔跑，處罰是要陪她一起吃午餐，自我介紹叫靜流。男主過去代替別人參加會議時見過這個同學，不過名字是不太記得；而靜流特別喜歡吃秋刀魚。放學後，ちはや說要去見熟人，男主有點興趣剛轉學來怎麼會有熟人便跟著去，每次ちはや要跌倒時都會扶一把，最後只知道ちはや的目的地是超自研部室。在男主回家時，ちはや與超自研的某個女生見面，不過只是關心ちはや有沒有交到朋友。
回程，突然好幾個花瓶從天而降，男主開啟了超能力rewrite救了附近的小朋友後繼續逃跑，之後看到可疑人士，還發現鎮上都沒人了，再之後被黑狗追，男主只好再開啟rewrite躲過黑狗追擊，之後又回到了正常的城鎮。晚上睡覺時，男主因為靈體騷動，原本考慮不關燈睡覺，這時燈卻突然自己關了，男主怎麼開都開不起來，連窗戶都突然變硬敲不破。過一小段時間恢復正常，房間裡充滿了腳印，男主暈睡過去。
10/7，男主向小鳥說了最近晚上發生的事，小鳥說可以去找那一位學園魔女朱音問問看。中午在食堂，男主原本想惡作劇，把超辣芭菲給吉野吃，但吉野早就知道男主不安好心，便把芭菲推到遠方，被男主班上的班長--此花ルチア誤吃，但ルチア卻一臉普通的吃掉了，還因為男主一直吃驚的盯著看，把芭菲空杯子往男主臉上砸。男主為了確認舔了一下，也被ルチア看到認為是變態，把男主揍飛。
隨後男主去了超自研部室，看到了10/5號的留言的回覆，只說男主再過兩天就要死了，男主只好再寫張字條，完整說明目前自己身上發生的事。之後再過來時，出現了一份問卷。上面題目五花八門，但最後的問題讓男主印象深刻--你有力量，是為了: 1.改變世界 2.改變自己 3.無法回答。男主最後選了無法回答。
放學，ちはや主動向小鳥打招呼。不過小鳥今天有事要先離開，小鳥便要男主帶ちはや在這鎮上導覽一下，但之後摔車就不了了之。晚上男主收到了簡訊，學園魔女要男主深夜到2-A教室，男主到了2-A後，又隨著黑板的指示，到了1-C、3-B、走廊，最後才到了部室，才真正見到了千里朱音。
朱音隨便給了男主一些人形式神護符，並要男主也加入超自研，明天放學後就參加社團活動，向朱音報告。10/8，其中一個護符破碎。
中堂下課，男主看到了中庭睡覺的靜流便跑下去找她，等她醒來後一起走回校舍，中途遇見了一直想抱住靜流的西九條老師。中午，男主又偷偷把自己點的超辣咖哩換給ルチア吃，ルチア一樣沒反應。而男主又因為要確認而偷舔，當然就是慣例般被發現而被痛揍一頓。放學後，男主去超自研部室，兩人對於是否有靈異、超自然現象吵了起來。後來約定只要男主確認超自然是真的存在的話，就要摸朱音的胸部。
10/9，昨晚無事發生。中午時男主請小鳥把自己買的超辣便當轉交給ルチア，要再次被揍。下午，接到了打工錄取通知的電話，還遇到了井上，她也知道男主加入了超自研。放學，男主邀小鳥一起去超自研看看，之後一起整理了超自研過去的舊資料，還開了留言板，但白目的留言讓男主氣得半死。
10/10，所有式神全滅。當天是星期天，小鳥來男主家，幫忙照料男主房間陽台的植物，而小鳥也有感受到男主房間的靈異氣息。
10/11，男主忘了今天放假跑來學校，吉野也在。鬥嘴一段時間後，兩人都察覺到學校變得怪異，長長的走廊怎麼走都走不完，還會突然從4樓到6樓，窗外也一片迷霧。中途吉野抱怨很討厭男主輕浮的態度，還揍了男主一拳，男主也是說著說著也揍了吉野一拳，總之，在異常的狀況下，兩人都有些焦躁。之後扭打起來後不小心跌進了超自研的房間，看到了正在吃東西的朱音，才發現已經回到了正常的世界，時間也到了晚上。要兩人賠錢，吉野離開後，朱音只是要男主把剛剛的異常狀況當成夢境。
接下來10/12-14是考試，10/14考完後，跟小鳥去超自研。這時才發現男主之前BBS上寫的「滅了你」已經變成炎上事件。依小鳥建議發了道歉文後，還是被那個死小鬼冷嘲熱諷。之後藉由朱音的力量找到了發文者江頭，沒想到他現實生活中是個俗仔。之後江頭發了和好的貼文，並提供男主野槌蛇這個超自然素材。
去外面打聽野槌蛇這個話題，中途男主回了一趟部室去拿相機，遇見了來部室的ちはや。ちはや其實早該來找朱音，但一直迷路，中間還被拐去別的社團，之後還一起去找野槌蛇，當然一無所獲。10/15，是收穫祭的說明會，小鳥也代表綠化委員會招募幫忙的人。
10/15，井上發了mail到社團的信箱，提供了幽靈的素材。男主有點怕怕，看到窗外的靜流便揮揮手還叫她上來。雖然窗戶其實是關的，但過不久真的上來了，原來是因為靜流會讀唇術。之後男主也把靜流拉進來幫忙，但不是正式加入，因為靜流還有風紀委員的正職。
10/16，男主中堂下課去部室，看到了沒見過的男人，很討厭男主的樣子。之後朱音跟ちはや進來，從一開始朱音說的ちはや的哥哥被ちはや否定，被批評忘了設定，最後定調成是ちはや的管家。中午男主則是去了食堂，說服阿姨復活傳說中超辣的麻婆豆腐，想要讓ルチア吃吃看。但不巧的是ルチア跟靜流有約，還把男主罵了一頓。
但之後ルチア跟靜流一起吃午餐時，不斷聽到大家說食堂在辦有趣的活動，靜流也勸ルチア要跟男主和好。ルチア看到男主準備的料理後，感動的吃完。但就在大夥不信那是超辣料理，沾著盤子裡的東西舔的時候，被ルチア看到，ルチア又把男主揍了一頓。
10/17周末白天，早上跟打工雜誌的編輯安西通電話後，在鎮上遇到了ちはや，一起晃了一下。晚上，男主去自動販賣機買飲料時，遇上了電力異常，還看到了及膝裙的女孩子，於是動用了rewrite追上去，但沒追到反而到了偏僻的麵攤。攤販老闆以為男主一定有什麼隱情才會到這裡，硬要男主說，男主只好說最近幽靈的事。其中一名叫江坂的問男主什麼陣營，男主摸不著頭腦，只說自己是超自研的學生。之後那些大人便說自己是玩網路遊戲，後來連靜流都來吃拉麵，由男主送回她家。男主瞄到了一眼靜流的房間，是空無一物。
10/18，男主在意ルチア的手套，認為一直不脫，其中一定有ルチア的弱點。男主妄想如果可以抓到弱點，就可以摸胸部之類的，結果真的摸到了ルチア的胸部後被揍飛。之後男主準備了各種意外弄髒ルチア的手套，想讓ルチア拿下手套。但ルチア手套超多，直到最後ルチア真的用完了手套，也發現剛剛的各種事件都是男主搞鬼。剛好靜流也來，要男主別逼別人做討厭的事，一邊也要ルチア退一步，給男主看看手，不過拿下手套後，才發現也沒什麼特別，沒有什麼中二病的符號。
之後去社團，把靜流介紹給小鳥跟ちはや。之後靜流接到了ルチア的電話，男主開玩笑要靜流重複自己的話，像是什麼成熟的身體之類的，但還沒說出是玩笑，ルチア就衝進部室揍人。ルチア了解了活動，也知道男主的目的之一是摸朱音的胸部，又把男主給打飛，還要靜流退出這個社團。靜流要ルチア站在男生的角度有點同理心，還說一度答應的事不會食言，ルチア便要加入社團監視男主。10/19的社團活動，是來部室的吉野沒辦法拒絕靜流的請求，配合男主拍CM。
10/20，男主跟吉野拿空罐玩，弄得地上到處都是，被ルチア看到，逼男主好好壓扁、分類、回收，還一起操作了壓罐機。男主說了點感想，ルチア就開始長篇大論的環保演說。放學，男主看到紅色外套的人在鬥毆。之後男主又到了之前吃拉麵的店，得到了一些超自然素材。
10/21，由於老師遲遲沒來，ルチア跑去叫老師。這期間因為來了貓，大家快樂的跟貓玩、餵牠東西。ルチア回來時，ちはや硬壓著ルチア抱貓，但ルチア卻撞開了貓，讓ちはや非常不滿，跟ルチア吵了起來，ルチア說動物很髒，老師到了才作罷。放學，男主找到了江坂的店，男主問魔物的事，但江坂說不知道，但有給男主兩個超自然素材。
10/22，有人踢球踢到花叢去，剛好ルチア在附近，同學請ルチア踢回來，但ルチア卻說不要、骯髒。也在場的ちはや對於ルチア跟昨天一樣的說法不滿，又開始跟ルチア理論，最後被小鳥勸走。之後男主向ルチア搭話，ルチア大吼不是喜歡才變成這樣被大家說成潔癖的生活方式，剛剛不配合把球還人，是因為不想碰到花朵。當天社團活動，聊到朱音的家會是怎樣，最後變成了大家放學後一起跟蹤朱音。到了朱音進去的網咖大家玩瘋了，回過神才發現朱音已經離開。朱音也發現大家在跟蹤，對解散後要一起回去的男主跟小鳥警告。
10/23，男主問了吉野ルチア的事，原來ルチア的潔癖在剛入學就很有名，但至今為止都沒像前幾天有這麼嚴重的衝突。吉野建議男主問問靜流。靜流身為ルチア親友，自然知道ルチア的問題，說怕男主會把事情搞複雜，由靜流處理比較好，但男主希望可以由自己解決。放學後，靜流對男主說了ルチア的往事: 以前曾經因為手碰到向日葵，就使得花枯死。ルチア戴手套，不是因為潔癖症，而是覺得自己的手碰到的東西會死亡。
7/28，由美子與吉米用電腦聯絡，吉米也一樣提到了Thanatos System，還有量產士兵計畫；另一方面，幸正在便利商店前勸蒔菜，如果要去救男主，不要一個人去，而是要找幸一起去。
結束了測試，接下來還要籌措資金。一姬先是告知大家男主8/6晚上六點會開始移送至赤坂，一姬知道蒔菜前幾天買了玩具小車，因為在美國收藏家有很高價值，所以要由美子開個戶頭，拿來存玩具小車在網路上賣掉的錢，之後再想辦法利用這點錢來錢滾錢；然後要天音去開車記住一些路線，還要蒔菜練習射擊。至於みちる，一姬以後有任務要交給她。
8/4，男主在關押的房間裡，跟一姬聊天(只要有監視器跟擴音器，一姬就可以用Thanatos System對話)。一姬說了當初天音逃跑後的後續: 被金田跟小出追上的一姬，因為金田的失控，用已經受傷的手打鼻子；還有之後出現的佐久間跟部長坂下。被佐久間問是不是又吃人肉的部長坂下，一時失控搶走了當時一姬帶來的菜刀刺了佐久間導致佐久間死亡。跟佐久間同一房間的伊吹看到死亡的佐久間跟拿著菜刀的坂下，發狂的拿剪刀刺向坂下；而趕來的老師越智看到這一幕，用石頭砸向伊吹。
之後，是天音在一姬的引導下勤加記憶路徑，中間也確認Thanatos是不是就是一姬。而蒔菜則是在幸的陪同下，去找一個叫山本的人拿到了粉色的對物狙擊槍，而那位山本似乎認識麻子。而みちる則是在一姬的指示下，在一天內飛往多個國家，用神奇的方式錢滾錢。
鏡頭轉到獨自在居酒屋的千鶴，服務生突然端了電話過來要千鶴接，原來是一姬打來的。一姬知道千鶴為了新校地而煩惱，於是說明天晚上八點會在新校舍的預定地進行歡送儀式，而這新校舍的預定地是一姬幫忙找的。同時被關押很閒的JB正在看電視時，底部的跑馬燈突然詳細寫出了明天風間雄二奪回作戰的計畫。
同時，在沖繩的ミリー兩天前從jimmy知道男主被幽禁，今天的11:00接到了一姬的消息，要ミリー去劫中午的直升機。ミリー用色誘的方式，趁男方駕駛員脫衣服時打昏並綁了起來，自己大喇喇的去開直升機。但正要起飛時遇到了緊急狀態，其實就是ミリー的冒充被識破了，不過也知道男主現在狀況的エドワード幫忙打倒礙事的人，讓米莉可以飛往東京。
到了運送男主的車隊預定到達的時間，卻發現有第三方武裝勢力介入，只好臨時改變狙擊地點，成功讓車子停住。之後由幸進行強襲，打倒第三方武裝勢力--ヒース的手下，緊接著天音來把現場的人接走，但接著便被ヒース的車隊追殺。同時ヒース跟男主目前上司的對話，可以知道剛剛第三方武裝勢力來搶奪其實是演戲的，早就訂好要把男主交渡給ヒース。
天音開著車載大家逃亡時，被發現有失控狀況的一姬也開始被剝奪機能，給大家的幫助有限。車子又是被追尾、被追撞、被上空的戰鬥直升機射導彈，最後終於撐到吉米突然來電，ミリー開的直升機也到，把AH-64D打了下來。而Thanatous System則把目前幫助眾女主等人的人格分離出來，核心--一姬的人類身體醒來，由JB載送。
最後，天音依一姬的指示，到了淨水廠，利用車子內藏的噴射機能，從出水口衝向預先待命的屋形船。之後みちる溺水，由一姬事先準備好的潛水艇救上來。看到一如既往的一姬站在潛水艇上，天音都快看呆了。
之後男主醒來，看到的是過去的上司J大尉，了解了目前的狀況，之後ゾーイ・グラハム把J大尉支開。ゾーイ就是ロバート・ウォルソン的太太，在ロバート的蕎麥麵店工作時是貓耳女僕、在千鶴喝酒時拿手機的也是ゾーイ，同時也是JB把恢復人形的一姬運出去時的接頭人。其父被當時受ヒース養的男主殺死，男主承諾一定會把ヒース解決掉。
之後男主在甲板找到一姬，千頭萬緒不知從何問起，忍不住甩了一巴掌。一姬說現在潛水艇正在往南方的小島前進，那座小島是麻子生前買的，現在在男主名下，不過這件事男主現在才知道。一姬還要男主選擇，就這樣逃到小島，還是要去找ヒース做個了斷，男主當然選做了斷。
ヒース的藏身處一下就找到了，是タルタロス島。其實這是數艘大船組合起來的地方，只是因為沒在移動，就被當成島，其目的是兵器開發研究所。男主搭ミリー的直升機去往タルタロス島時，ミリー發現J大尉說過的スターダストシンドローム在男主身上發作。スターダストシンドローム患者因使用禁藥或遭受重創導致血壓極度飆升，使全身毛細血管過度膨脹並壓迫視覺神經，引發嚴重的失明與極端「閃輝暗點」症狀。此時患者會在黑暗的視野中看見本不存在、猶如夜空般的滿天星屑幻覺。若此狀態持續，最終將因全身血管無法承受破裂而死，日下部麻子便因該病在白晝看見星空而逝。
至於留在船上的眾女主，則是討論接下來要做的事。首先，要みちる把ヒース的目標Thanatous System供電的海底電纜切斷，同時還要猜ヒース帶入日本的炸彈會被放在哪。同時，市之谷與赤坂正吵得不可開交時，一姬打電話進來，向也在會議上的アニエス・ギャレット上尉說明了炸彈位置。之後拆除炸彈時陷入人員幾乎全滅的問題，JB便自告奮勇接下指揮權，ゾーイ也一起回去赤坂送JB。總之，炸彈的部分只是一姬覺得男主都要去面對ヒース了，總不能眼睜睜看著男主喜歡的祖國受到嚴重損害，把炸彈位置告知軍方就算仁至義盡了。
至於男主則是拼命的廝殺，遇到自己的複製體拚死命的打了藥以後贏了，之後的ヒース則是拿著麻子遺物的太刀殺了過來。麻子過去追捕ヒース時，因為右肩被槍打中，最後是用太刀殺掉了ヒース的一個部下，最後離開時沒帶走這把刀。男主則是利用太刀砍進自己身上時，緊抓住刀，用圓珠筆刺死了ヒース，從ヒース身上拿到。
美國海軍認識了同組的ダニエル·ボーン、射擊技術也不錯的ミリー、跟麻子同期的班長アニエス·ギャレット。訓練後期從陸地到了軍艦，多了一個ロバート・ウォルソン，還有一個大個子エドワード・ウォーカー。之後接到實戰任務上陸，從屬於ジャスティン・マイクマイヤー(J少尉)底下，這一團隊被命名為藪犬小隊。一開始戰鬥時，男主光是扣板機都會嘔吐，後來在J少尉的暗示下，把敵人想成豬，順利殺掉敵人。
小隊任務結束後，男主又回日本，為了進入CIRS受訓。麻子早已結束教官工作回日本。在日本的受訓，男主的表現受到了教官的高評價，但真正讓男主開始有名的，是溫哥華國際機場恐怖襲擊事件。犯人抓了當時二十出頭的橘千鶴當人質，男主收到的命令是無力化犯人，不傷到人質，狙擊範圍2000米，完美達成任務。
遊戲在尷尬的氣氛結束後，男主便帶著幸出門，中途聊了一下。原來男主以為幸希望的是像一般女孩子的幸福: 由男性保護，男主外女主內，但幸卻希望可以成為男主工作的助力，甚至申請了護士學校。雖然男主一直不說工作內容，但幸早就知道是會有生命危險的。
9/23婚禮，最近的炸彈狂宣告要給今天最開心的人一點教訓，後來在炸彈狂的電話，知道了通風口的管子有炸彈。最後在幸的堅持下，由幸去拆彈。在這一年期間，男主有教幸如何處理炸彈，不過幸遇到這種炸彈無法拆解，乾脆帶出來給男主。男主隨後便衝到廚房塞進業務用冰箱，大幅度減緩爆炸威力。後來婚禮如期舉行。
