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延續wind千紗線結局，男主再次遇到了完好的千紗。跟千紗對話後發現一切一如往常，但這也讓男主心中充滿疙瘩。放學後終於可以跟なずな確認，而なずな張開了可以撐兩小時的屏障，並把圭次也叫了過來。
首先，昨天事故的目擊者男主、奈々璃跟凜，只有男主還記得千紗的事故。這讓なずな確定了奈々璃跟凜的真實身分--奈々璃搭載EC、而凜則是整個身體都是由愛麗絲粒子組成，因此兩人的記憶是可以被竄改的。另外，透過なずな當老師這一段時間對凜的觀察，凜的性格並不像人格模板製造出來的，所以應該是利用同步複製技術，連結現在在ECReD本體的意識。
なずな還提到了自己不想用over clock來確認現在的千紗的真相，不然會跟香苗一樣。為了解釋香苗是誰，又得提到整個AQUA的歷史。
電腦的研究到了這時代，純機械已經到了瓶頸，最後的成果是搭載人類的電腦--Luka。Luka有四個部分--瑞秋、撒拉、瑞亞、夏娃。香苗只剩下腦隨，變成了Luka的瑞秋；至於撒拉就在なずな的腦袋裡，而同時なずな也是人類與Luka直連的第一號實驗體。なずな動之以情，說之以理，希望圭次可以說說自己的過去。
時間回到圭次第一天來到ECReD。所屬的生物系統工學部門的部長就是千夏，而總務是自己以前就認識的紗織。ECReD這個研究機構是徹底的實力主義，沒能力的就會被炒魷魚，千夏給出的課題跟期限也是一等一的難搞，但不知為何紗織卻總是沒事做。經過兩次的project，獲得千夏認可的圭次，接手了一個重要的研究--基於人格模板與愛麗絲粒子之生物體再現。要理解生成愛麗絲粒子的Luka，就要理解理論基礎的快子波。就在survey快子波的論文時，圭次注意到某篇快子波與ESP(超能力)關聯的論文，作者是現在也在同一部門任職的智惠。
跟智惠聊過後，知道這島上的人都有著超能力--末那識之力，只是大部分人的這份能力太過微弱無法察覺與利用，但使用這超能力會出現快子波，換句話說，Luka的功能可以說是超能力的具現化。
目前圭次的題目所遇到的研究瓶頸，是實驗資料的不足，具體來說，是人腦解析資料不足--需要有末那識超能力的人的大腦資料，再換句話說，會是非人道的人體實驗。某天，煩惱的圭次跟千夏去見千紗，跟千紗分開後，千夏才對圭次說千紗的命運已經確定是事故死亡，但自己一定不會讓千紗死的。而正好，目前國家委託給千夏的秘密研究，是複製人的研究。
了解千夏決心的圭次，下定決心提出了實驗資料請求。雖然千夏保證這些大腦資料都是死刑犯、獲家屬同意的遺體等等，但不可否認這總是讓人感覺不適。
但提出申請後，資料依然遲遲沒下文，因此這個題目被凍結，圭次依照千夏的指示繼續其他的研究。而這期間，圭次跟紗織感情升溫，在紗織確定懷孕後圭次求婚，兩人度過了一段幸福的時間。
但這快樂的時光依然存在陰影。某天圭次所住的宿舍發生瓦斯洩漏事故，但路過事發地點那噴血量不是蓋的，可知ECReD上層有參與這事件並粉飾。遇到智惠後，智惠也同意ECReD上層不是什麼好東西，也舉了個活生生的例子: 兩人的對話被圭次剛來到研究所的第一個題目所做出來的東西--基於愛麗絲粒子的對人觀測系統，俗稱小老鼠所竊聽。
當天加班到很晚，要回家時又收到了醫療大樓有緊急疏散警報。圭次想起今天紗織要去醫療大樓檢查，擔心的圭次衝去醫院，發現了正在殺掉醫療人員的沙織。
陷入瘋狂狀態的沙織連圭次都想殺，在圭次擁抱跟安慰後暫時緩和，隨後沙織被趕來的陌生小女孩強制關機。但這時的沙織體內神經已錯亂，送到急診室已回天乏術。而且送到急診室也不是為了急救，而是對沙織--CBU實驗體S9解剖，這一切都是上層交辦。圭次要揍人時，醫生也嗆聲說生物系統工學部門要求的資料，也都是在人還活著時撥弄大腦得出的，要講人道，也輪不到圭次來講。千夏也辯解說自己也只收到今天沙織要去檢查，不知道為何會變這樣，即使圭次氣到想找高層算帳，沒想到竟然連千夏也不知道自己的直屬上司辦公室在哪。
過了一年，圭次再次遇到當時阻止沙織被的陌生小女孩，陪她玩了一段時間後，問起了當時沙織的狀況。陌生小女孩--なずな說明當時沙織因為實驗，重複使用快子浪預測未來，對精神造成影響進而破壞人格；但不知道為何要參加這個實驗。隔天，なずな便被派到圭次身邊當特別助理。
回到ECReD的圭次遇見了智惠，智惠說因為不久前兒子目睹千紗的事故，所以要辭職離開這島。過不久，圭次向千夏提交報告時，忍不住問起千紗的事，畢竟千夏的反應完全不像剛喪失年幼愛女的人。
千夏解釋了自己的想法，先從愛麗絲粒子跟快子波的關係說起，兩者真正的關係跟現在明面上的資料不同。一般認為，愛麗絲粒子在物質化的時候，快子波會將能量傳遞給愛麗絲粒子並以超光速進行反射，透過反射了解愛麗絲粒子的狀態後，就可以對粒子進行控制。但現實上的結果很玄--是先接收到反射，再發射快子波讓愛麗絲粒子物質化。也就是說，在處理事情前，就已經先有結果了，再換句話說，是從未來回傳處理結果，愛麗絲粒子再根據這個未來生成物質。
問題來了，未來是誰決定的? 命運嗎? 透過末那識之力得知未來的千夏，就是想顛覆這個命運才做研究。
而之後なずな駭進伺服器，得知了當時沙織參加的實驗，是直接連結快子浪的實驗。知道紗織是被迫參加非人道實驗的圭次，跟なずな約定一起辭職，隨後就去找千夏翻牌。
千夏把圭次帶去看了自己真正的研究--克隆的千夏身體。結合已經完成的思維同步複製研究，可以製作出類似複製人的存在。再回到沙織的死因: 末那識之力本質，其實不是預知未來，而是創造未來。如果擁有末那識的人想迴避被創造的未來，因果律的操控下，就會使人失控，這是沙織腦損傷的原因。
而千夏又拿出了晶片--人格模板的腦解析資料，就是當時圭次為了「基於人格模板與愛麗絲粒子之生物體再現」這研究題目所請求的資料，簡單來說就是紗織的人格模板。這時圭次才終於了解，紗織會參與這實驗，都是自己的錯。
於是圭次以「基於人格模板與愛麗絲粒子之生物體再現」解凍為交換，讓身為EC超頻實驗體的なずな可以順利離職，而圭次，只是想再看活過來的紗織。
