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在海邊如果去追奈々璃，就會進入奈々璃線。某天，男主陪媽媽去黑澤屋買菜時，奈々璃突然眼發藍光，用程式生成的愛麗絲粒子攻擊媽媽，被媽媽強制切斷連線後暫時昏迷。
男主把奈々璃搬回家後，媽媽就跟也回到家的なずな，先把所有監視相關的東西暫時停掉，才開始跟男主解釋。在共通線和なずな戰鬥時也發生過的眼發藍光現象，是腦袋裡被植入EC的證明。所謂EC是AQUA前身，性能比AQUA優越甚多，但因法律禁止人腦直接與電腦通信而無法問世。媽媽之前工作的ECReD就是研發出EC的機構，而ECReD也受到政府管轄。被植入EC的人會停止成長，包括腦部發育也是，但同時可以不用終端即可操縱AQUA；這也可以說明為何7年前災難後奈々璃就停止成長。
奈々璃醒來後，說了最近兩個月(大概就是男主剛搬來的時期)就常常會有記憶斷片。男主跟なずな把奈々璃送回她自己家後，なずな只說了人想變得更優越的慾望無窮無盡，EC就是這份慾望的產物。睡前，男主又收到了共通線時三不五時可以收到的DefaultUser寄來的垃圾亂碼郵件。
隔天男主跟俊介吃完冰後繞去黑澤屋，得知奈々璃今天休息。回到家再次收到DefaultUser寄來的郵件，但這一次不是亂碼，而是明確意思的「我好害怕」。男主請なずな反向追蹤郵件發送處，得知是奈々璃寄的，於是由なずな開車送到奈々璃家，由於中途車子爆胎，所以男主先進去なずな家了。
原來奈々璃在昨天與男主、なずな分別後，又失去了一小段時間的意識，回過神來就在加了。這讓奈々璃相當不安，男主為了讓奈々璃安心，決定之後陪奈々璃打工跟補習。另外也聊到了以前展望台就是奈々璃的媽媽管理，奈々璃媽媽因事故後遺症在3年前去世，展望台也隨之廢棄。奈々璃媽媽也告誡奈々璃不要把可以操作AQUA這件事說出去，代表奈々璃媽媽可能知道EC的事。
隔天兩人一起打工，遇見了許多人，但最令人吃驚的還是千紗母親千夏也過來，就為了買送給男主跟千紗一家吃的櫻餅；而這過程奈々璃似乎很害怕千夏，從頭到尾都躲在男主後面。男主回家後跟媽媽提到了這件事，媽媽也覺得怪，因為從她的工作地點到家也不會路過黑澤屋，推測可能就是為了觀察奈々璃。
某天男主陪奈々璃補習，一到學校立刻被奈々璃抱住，原因是昨天なずな去奈々璃家家庭訪問時一度失去意識。隔天打工餵便當，過不久交往。
雖然感覺很對不起千紗，但兩人還是過了一小段快樂的戀人生活。但某天，奈々璃打工到一半覺得身體不舒服，男主送她回家時在家門前倒下。通常奈々璃失去意識時會自動啟動EC，但這一次沒有。
某天圭次來黑澤屋，男主鼓起勇氣提起奈々璃的EC的事，但圭次卻像是第一次知道這件事一樣。回到家男主向媽媽跟なずな提起這件事，討論出許多疑點，最後的結論是奈々璃這個人可能有什麼特別之處，需要這樣特地裝上EC並操控，而不是直接抓走做研究。
就在這時，DefaultUser又寄來郵件，但只說了第一個字救接下來就是亂碼，男主跟なずな就衝出去開車救人。車開到一半，男主就發現有小混混拖著奈々璃走，男主使用自己的一些簡單bug武器，沒想到對方竟然可以使用Lukas的機能，一下打敗男主，但之後被なずな暴打一頓，救回奈々璃。
回到家對失去意識的奈々璃進行調查，發現奈々璃因為近期EC反覆的開關而變得不穩定，另外也查明了奈々璃的右手其實因為事故損傷因而生體機械化，所以才會植入EC來進行控制。通常EC只能控制意識無法控制行動，但奈々璃這樣的case是連行動都可以控制。
回到不穩定這件事。媽媽推定如果下一次再昏倒可能就會造成永久性腦傷，但如果拿掉EC，會影響到記憶區塊，所以會失憶。媽媽弄了一個防火牆，防止EC再被控制，但只有一天，希望兩人好好想清楚。
依照奈々璃希望過了普通的一天後，拜託圭次進行手術，而奈々璃也如預想的失憶，記憶回到植入EC的前一刻。深信媽媽還在的奈々璃對外人展現出不信任，是男主好言相勸才慢慢接受。之後在路上逛，看到了跟記憶中不同的學校，還有寂寥的房子，奈々璃才終於理解媽媽已去世的事實。
奈々璃的個性回到7年前比較天真爛漫的樣子，也慢慢回想起一些這7年間記憶的片段。但なずな要男主想想，為何人類會有遺忘的功能，其實是因為要沖淡負面的情緒；同理，奈々璃會忘記很多回憶，除了EC對大腦的影響外，也因為這些記憶不是這階段該回想起來的。
可是記憶恢復的速度比預想還快，已經想起自己身體有問題所以需要裝EC，還說了在認識男主前就認識千夏。回家後男主告知なずな，なずな確定遠端控制奈々璃的就是千夏。隔天早上起來，原本暫住千紗房間的奈々璃留下了向大家道歉的簡訊後離家出走，最後男主在公園找到奈々璃。
原來奈々璃已經回想起自己的右半邊已經機械化，也想起自己是因為被操控才會跟大家成為朋友，還覺醒了遠端利用AQUA的能力，用timer bug把男主給定身，自己一人離開。
千紗發現男主後向なずな求救，解除了男主的定身，隨後一起去找奈々璃，卻在車站遇見了千夏。過不久媽媽也來，指責千夏遠端操控奈々璃的事，而用預知能力發現千夏的凜則利用AQUA攻擊千夏，卻發現她是全息投影。千夏只說了這一切都是為了千紗。隨後男主在展望台找到奈々璃，說了不管是不是被操控，奈々璃對大家以及大家對奈々璃的感情都不是謊言，才讓奈々璃釋懷。
EP，是大家到本島讀大學，但奈々璃跟男主留在島上。奈々璃最近的身體成長速度是正常的4倍，機械也要隨著身體成長調整，所以只能留在島上。
