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要進憂緒線，在夢的世界發展就會有點不同。男主不是先找到小太郎，而是先找到憂緒，中途還找到可以映出之前做過夢境的玻璃球，而憂緒的夢境是跟男主的春夢，幸好男主沒看到。
而在煤油燈騷動，校長掉到水溝後，男主把昏倒的校長交給她的貂一君，很快的一君便回去幫校長換好衣服回來，所以沒有觸發男主幫忙洗澡事件。
進到了新章節第五章，再次出現的大小姐與管家二人組，還是在懷疑這學校的魔術。同時，特室被校長叮嚀「蝕之日」快到了，最近魔力都會特別強，也會容易出現遺品，請特室多注意。
就在放學，春霞在打開果醬罐子打不開後，眼前就出現了戒指遺品。詢問過リト後，知道了這是注入魔力可讓使用者力氣變大的遺品。順利用戒指打開罐子後，靈光一閃的春霞就到了正在禮拜堂忙著搬椅子並打掃的男主跟静春前，炫耀遺品並幫忙搬。就在這時，大小姐與管家二人組出現了，自然也會注意到以前從未見過的春霞，但對特室來說，魔女兼維持魔術的人出現在不知情的人面前，是糟糕的事態。
而在質詢時不知為何越描越黑，最後主僕兩人掉頭就走。從主僕兩人的對話，可知他們倆人知道魔女，另外還想進到鐘樓裡面。
雖然鐘樓沒有入口，但時鐘附近的縫隙是鑽的進去的。雖然時鐘很高，實在不太可能爬上去，但為了保險，特室還是跟風紀委員輪班監視。過了五天後，的確堵到了兩人，但校長突然出現，表示可以帶大家進鐘樓內部。
校長利用了可以到任何地方的遺品鑰匙，進去了看似普通的內部，沿著樓梯一路走到了鐘樓頂端。這一趟下來，不只主僕倆，連知道真相的其他人也啞口無言。
但即使如此主僕倆的敵意仍然沒消失，在進宿舍前，アーデルハイト還特地對鍔姫說悄悄話: 要是知道這學校有祭品的話，就不要跟特室走太近。當鍔姫將這番話轉達給憂緒，憂緒的興趣便轉向祭品這個詞身上，因為可能跟睦月有關。
為此，特室開始調查主僕倆看過的書，同時注意到20年前，火災那一年的資料完全沒有。照理說，一些學園祭或是其他學校活動，相關資料應該會提早做好，但是也沒有。
去問了リト，リト卻表示身體裡沒有，並展示了她一直抱著的書，裡面一些文字被塗上了特殊墨水。原來リト是人工生命體，是為了管理遺品而被學校創始者ラズリット製造出來的，而一直抱著的書才是本體，身體只是方便交流用。
去問夜之學校20年前的事，也問不出什麼所以然，再去問リト，得知第一部看到的魔石是只有ラズリット做的出來的，可以半永久提供魔力的道具，而ラズリット是操控時間的魔女。
最後還是覺得沒辦法，於是男主提議再跟主僕倆談一次。這一次是交換條件，男主先拋出了之前主僕兩人看過的時鐘塔內部是假的，再請教アーデルハイト何謂祭品，答應主僕倆如果可以回答，就帶兩人去真正的時鐘塔內部。
回到特室，真由美又委託特室來找她掉的筆記本。在圖書館儲藏室找到後，特室留下來整理，發現了一些舊的文集，於是開始找有沒有20年前的線索。翻著翻著，竟然翻到了1992年--也就是剛好20年前的學園祭宣傳，但繪畫者竟然是--風呂屋町 眠子。
再次回到特室推理，很可能眠子就是火災的受難者。之前問過リト火災的事，雖然リト知道火災罹難者的名字，卻不知道失蹤者的名字，很可能那就是夜之世界的人們。
這時主僕倆也來特室，提出了想進西宿舍，剛好特室的人們也想到這一點。主僕方同意聯手後，利用了遺品鑰匙到了葵的房間，目睹了夜之世界發動瞬間，跟夜之世界相連的西宿舍的真實。
只見已經早早就寢的葵，身上籠罩著魔法陣，魔法結束後人就變成了眠子。
這就是之前アーデルハイト說的「祭品」的意思: 西宿舍的學生就是為了讓火災罹難者復活的軀體。依アーデルハイト的調查，西宿舍的學生被施加了四層魔法，包括靈魂召喚、意識佔據、外貌偽裝、暗示。前三個應該不用多說，尤其第二個意識佔據就是第二部一開始的アーデルハイト的香水造成的小故事。而所謂暗示，就是指一問三不知的情形，包括今年西元幾年、早上晚上的分別等，問了也是白問。
而維持這一魔術的，就是目前的兩個魔女。但後來得知有許多的魔石，大概有夜之學生的數量這麼多，讓アーデルハイト震驚與緊張。事不宜遲，大家先去看了魔女往夜之世界注入魔力的工作，再去之前堆滿魔石的地方看，卻發現魔石全部搬走了。以此推論，魔石是為了可以讓夜之世界的學生可以永久活動而存在，進一步推論，就是犧牲西宿舍學生，讓火災犧牲者實質復活。
之後主僕花了一天好好研究了可以讓夜之世界顯現的魔法陣。結論是魔法陣有防禦機制，受到破壞可以自我修復、發送通知、預定時間內沒注入魔力也會告警。但在三天後，防禦機制就會自行停止，變換成新魔法陣，因此推論之前校長提過的「蝕之日」就是在四天後，詳細計畫是趁著那一天把魔石塞進所有西宿舍學生裡，啟動新魔法陣完成復活大業。
大家當然決定阻止計畫，有兩個方案。第一個方案，是在原本的魔法陣外圍多畫一個魔法陣來破壞它；第二個方案，是舉辦活動讓所有學生入夜後依然不回宿舍。第一個方案需要一直守在魔法陣旁，難保學校沒人查看因而作罷，於是採去第二個方案。
但第二個方案需要風紀委員的幫忙，於是便找上了百花。百花聽到真相後也說這計畫不可取，同意幫忙。但隔天早上，大家依照昨天晚上收到的信聚集在一起時，才發現被風紀委員包圍，校長出現，這才知道計畫暴露了。但即使跟校長講道理，校長也完全聽不進，只會回這是優先順序的問題，就是要讓夜之世界的人復活。
發現講不通，大家決定來硬的時候，百花出現拿出了アーデルハイト一直在找的音叉並發出衝擊波，讓除了男主以外的所有人都倒下。男主跟ルイ扛了最近的人便逃出去。
逃跑到一個段落，ルイ便說了推理--百花跟校長都是人工生命體。首先，那音叉會對所有有魔力的人造成影響，魔力越大越糟糕，少則限制行動大則立刻昏倒，目的是為了活捉魔女。而人工生命體無法寄宿靈魂，而有靈魂才有魔力，所以人工生命體不受影響；不過，只要身上帶有魔石，人工生命體也能使用遺品。
ルイ的第二個證據，是煤油燈事件。當時在校長室，ルイ一直在想如何分辨人工生命體跟一般人，而煤油燈就出現了。依照遺品會出現在有相應願望的人的原理，可以知道煤油燈可以分辨人工生命體跟一般人。假設當時縮小的百花是人工生命體，那麼同樣會縮小的校長當然也是。第三個證據，是跟校長談到犧牲西宿舍是問題時，校長完全聽不進去，跟當時葵製造出的人工生命體一樣。
之後被男主跟ルイ一起扛來的憂緒跟静春也醒來，之後決定只留下静春，其他三人回宿舍準備一下。沒想到這時遇到了當時昏倒的其他人，反而指責男主、ルイ、憂緒、静春中了暗示洗腦，竟然反抗校長跟百花，接下來就被噴了香水昏倒。昏倒後，四人被扛到了禮拜堂地下的魔法陣，讓四人進入潛意識世界接受暗示洗腦。也就是說，剛剛中招音叉攻擊而昏倒的，已經接受暗示，以為是男主一行人中了暗示(這是繞口令嗎?)。
不過ルイ被噴香水前有先打破同樣效果的香水，所以昏倒後來到潛意識世界後，並沒有被洗腦，並成功醒來。醒來的ルイ，把其他人叫起來。當然，男主、憂緒、静春也是昏倒後到了潛意識世界，但静春的世界出現了有締結契約的摩爾菲，所以也沒被洗腦。
但大家醒來才發現睡了一整天，已經到了作戰實施的晚上，所以原本的煙花計畫已經沒意義，只能破壞夜之世界魔法陣。而再離開地下前，先把洗腦魔法陣畫了下來，以便等等製作解除魔法陣。不過一離開地下到了禮拜堂，便遭遇了アーデルハイト跟小太郎。
由於アーデルハイト懷疑男主一行人還是中了暗示，因此憂緒利用アーデルハイト的個性將計就計，亮出了暗示魔法陣，要アーデルハイト畫出解除暗示魔法陣，讓大家一起進去，就可以知道是不是有中暗示。當然，被解除暗示的是アーデルハイト跟小太郎。
接下來要趕去夜之世界魔法陣，卻發現鐘樓裡面可以通往魔法陣的門不見了，但アーデルハイト認為可以復原，因此到了圖書館去借書。
但リト說了規定上圖書館的書無法借出，アーデルハイト心急之下說了リト也一起來監視，結果リト真的同意了，但前進途中卻又遇到了百花。雖然アーデルハイト說了很多話想讓百花放棄，但百花卻還是動用了音叉，但卻對所有人無效。
原來剛剛アーデルハイト是在幫ルイ爭取時間。ルイ是人造魔女，右眼封印著家族過去的魔女的魔力跟能力，必要時可以將右眼魔力流動全身，暫時使用魔女的力量，而ルイ才是家族的正統繼承者--操縱聲音的魔女，把剛剛的衝擊波改變方向。
被這麼一搞，百花的暫時昏倒，魔石掉了出來，除了静春與魔力用完的ルイ外，其他人趕去修復門後，便見到了校長跟兩位魔女。而アーデルハイト先回去盯住百花。
雖然校長一開始游刃有餘，但發現解除暗示的魔法陣生效後也開始慌了，於是拔除了魔法陣上的零件，強行讓魔法陣啟動防禦機制，也讓它處於失控狀態。
男主跟、憂緒及小太郎立刻用了春霞的鑰匙追上校長，但校長卻進了人類不能進的遺品庫。男主突然聽到了聲音，從過去火災後毫無傷痕的自己領悟到自己也不是人類，試一下果然，男主是進得去遺品庫的。
於是男主搶走了剛剛校長拔走的零件跟她的鑰匙，並把架子弄倒讓她出不來。臨走前，男主問了睦月在哪，校長卻發狂似的狂笑。男主只好走人，不過真正要離開前，又聽從了謎之聲拿走了某個遺品。
在男主對付校長的同時，百花也很快就醒來。不過百花把全部人幹掉前，静春搶到了百花掉落的魔石，召喚了一直在夢中見到的，自己稱為摩爾菲的人。沒想到出現的女孩子相貌完全不同，還使用了時間暫停，並讓百花睡著。
女孩子聽了静春說明目前狀況後，便利用静春腦海內的想像，瞬移到夜之世界魔法陣，跟男主會合。原來這女孩，就是真正的久我 満琉。
雖然男主看到満琉來很吃驚，但現在鍔姫跟春霞正在抑制失控的魔法陣，所以也不是相認的時候。但満琉一來，鍔姫跟春霞的負擔就減輕許多，而且満琉還有能力分魔力給鍔姫，隨後満琉便因使用過多魔力而昏睡。
原本這時候就可以準備破壞魔法陣，但因為啟動了防禦程序，魔法陣的長相與原來不同，所以原本拿來破壞的魔法陣無法使用，於是男主想到了，可以用之前增強力量的戒指，把整個魔法陣破壞掉。
而男主在離開遺品庫前拿走的，正是那個戒指。最後是小太郎灌注了自己的所有魔力，讓戒指發揮最大能力。而男主在揮下拳頭前的一瞬猶疑，也是小太郎要男主下定決心，很肯定的說被這樣復活的人一定不會高興，男主才終於破壞了整個魔法陣。
之後夜之世界魔法解除，夜之學生昏倒後便回了原本白天學生的樣子，但同時小太郎也逐漸消失了。
原來小太郎也是20年前的罹難者其中一人。之所以白天也能活動，是因為小太郎是體內埋入魔石，以測試夜之學生是否可以實質復活的實驗體。
在當小太郎踏入了解除暗示的魔法陣時，有關自己真身的暗示也解除了，只是那時間不適合說出真相，但也因此可以肯定這樣的復活方式不是自己所樂見的。最後，是春霞趕忙放了煙花讓小太郎看。
小太郎消失後出現的白天學生，正是睦月。這也解釋了當初第一部憂緒使用鑰匙後，來到特室的原因--當時小太郎也在特室。
ED後，男主跟憂緒談話。雖然男主認為自己也是人工生命體，但綜合男主平時像人類的不完全符合理性的舉止、還有奇特的疾病、以及曾被鍔姫看破說謊。鍔姫看穿說謊的原理，其實是因為可以看到靈魂的波動，因此看不穿無法寄宿靈魂的人工生命體有沒有說謊。
之後睦月加入聊天，問了20年前的火災到底怎麼回事--因為火災大到連失蹤者遺體都沒有，那可能跟魔術有關係。睦月提到這裡，憂緒就彈了起來: 靈魂既然可以召喚出來，除了強行用魔術留住死者靈魂外，還有一個更簡單的辦法--人根本沒死，身體被保存在某個地方。
接下來的憂緒線，其實是接續第一部的憂緒線。男主接受定期的身體檢查，由於醫院護士跟男主十分親近，使得憂緒忌妒爆發。因為男主數值有點異常，所以需要留院隔天再檢查一次，而憂緒也一起住下來，跟男主吵架，逼問男主跟那護士的關係。也順便爆料了其實憂緒是記得第一部跟男主H過的事，而這裡也再H了一次。
