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第四章，再次從ラズリット接人的回憶開始。接回來的這一位賽蒂，是赤眼的魔女。
畫面一轉回到現代。在鍔姫房間醒來的男主發現憂緒不在，到了屋頂去找後，抱住憂緒安慰了她，但被來叫兩人下樓的黑谷打斷。
之後男主、アーデルハイト跟憂緒再次去看了夜之世界魔法陣，アーデルハイト斷定這魔法陣已經完全沒作用了，異空間的其他魔法陣也消失。之後再移動到諏訪葵的房間，雖然只看到葵在睡覺，但知道了風紀委員開始巡邏，於是趕緊結束調查。
至今已知道，所有應該放假的西宿舍學生被移動魔法陣召喚回來，不過施法者要同時移動這麼多人，接下來大概有兩三天無法再施行大規模魔術。但奇怪的是夜之世界魔法陣為何修復好卻不用，為了得知原因，到了圖書館調查。
男主不懂魔術，只能把風，但也因此找到了應該被抓走的リト。據リト解釋，因為那個隔離時間的空間--簡稱時之空間，多了鍔姫與春霞後容量不夠，所以把リト放了出來。二人現在也不擔心男主會去遺品庫拿東西，因為全被符咒暫時封印了。
由於ラズリット製作的リト回來了，所以可以繼續ラズリット的日記。這次由滿琉使用遺品，繼續探索過去，而進度到了某天ラズリット出差回來後，賽蒂製作出了有靈魂的人工生命體。但這時，大家發現風紀委員包圍了宿舍，於是大家再次轉移陣地，到了春霞的房間。
之後再次用羽毛筆，繼續ラズリット的日記直到結束。先說結論，原本以為賽蒂就是ラズリット領養的女兒，但其實不是，賽蒂是ラズリット領養的女兒所製造出的，具有靈魂的人工生命體。
故事整理一下。ラズリット領養的女兒，其實是男主曾經看過的漂在滿琉上的アンデル。アンデル是可以操縱靈魂的魔女，在全校集會時，不知為何魔力失控，使得大家靈魂燃燒，是ラズリット衝了進來割出了時間停止的空間救了許多人。等到アンデル控制火勢後，魔力也所剩無幾，對賽蒂交代完要拯救那些學生的遺言後就去世。而ラズリット也到生命盡頭，於是把自己操縱時間的靈魂移到了賽蒂身上，才能控制那時之空間，也能製造魔石。
之後就是在另一個回憶中看到的，賽蒂製造出了人工生命體幫忙自己想救學生的方法，才有了夜之學園。當時的二人提議，賽蒂也一起跟著學生生活會比較好，而賽蒂接受後，也任命二人當校長，百花當風紀委員，自己則是根據原本名字的意思，取了日本名字--七番 雛。
憂緒回憶，的確只有雛，是夜之學生裡完全沒有過自己意見的，通通都是附和別人。
第五章的開頭，是在時之空間的雛，回想自己跟射場同學成為朋友的回憶。
回到現在時間。アーデルハイト檢查了鐘樓內連向夜之世界魔法陣的門時，發現沒有直接連到夜之世界魔法陣，而是到了稍遠的地方。這樣的配置是不是有什麼意義，大家也百思不得其解，因為走過去檢查夜之世界魔法陣後，也沒什麼變化。但憂緒想到這個異空間本身可能會被當作代替蝕之日魔力源被吸收，於是提議破壞異空間。
アーデルハイト說明要破壞異空間，比破壞夜之世界魔法陣簡單許多，只要把分布在四個地方的小魔法陣用特製的對魔法炸藥炸掉即可。大家分頭行動，留黑谷、滿琉跟ルイ留在房間。但黑谷出去找糧食時，因被風紀委員發現，逃跑時不小心把畫有小魔法陣的清單弄掉了，而之後被百花撿了起來。
百花跟二人匯報後，二人派了アーリック去找，但只找到了刻意拖住アーリック的憂緒。二人很興奮的跟憂緒分享自己的計畫--用投影機投影夜之世界魔法陣，而這魔法陣改進過，可以吸收魔力，還可以對東宿舍學生施加東宿舍學生原本就不存在的暗示。而所謂的吸收魔力就是吸收異空間的魔力，所以主角一行人破壞掉異空間是正好，可以使得魔力更容易被吸收。
接下來二人逼憂緒使用鑰匙遺品，站在遺品庫面前並把憂緒丟進遺品庫。原來遺品庫的結界只對有魔力的人有用，對於魔力剛好用光的人，是可以進的去。又，人只要魔力用光就會馬上慢慢恢復，所以一丟進遺品庫就又會出不去，藉此關住憂緒。
同時，黑谷知道自己被發現了，所以一回到房間立刻讓滿琉跟ルイ移動到異空間跟大家會合，而大家一邊奇怪為何憂緒遲遲不回，一邊看到了巨大齒輪因為沒有了小魔法陣支撐而落下。男主一行趕到夜之世界魔法陣，看到了中暗示的鍔姫跟春霞。雖然好不容易讓兩人昏過去，但這時準備實行計畫的二人、百花跟雛都出現，順利投影並啟動了新魔法陣。
沒想到，新魔法陣吸收魔力的部分不知為何投影出陰影，所以沒發揮作用。判斷如此一來需要15-16小時才能完全啟動魔法陣的アーデルハイト，立刻趁二人、百花傻眼的時候，使用了鑰匙讓大家都逃到圖書館裡。
解除暗示醒來的鍔姫，感應到了憂緒正在地下。這時的憂緒，剛好找到了一個沒封印好的遺品，打開以後知道了這是可以實現任何願望的遺品，但需要犧牲自我。當男主找到了在遺品庫的憂緒的時候，已經是憂緒使用了八音盒遺品，快消失的時候了。之後化成了溫暖的光飛出，リト感受尤其深刻。
第六章的開頭，是講述アンデル想製造具靈魂的人工生命體的契機。回到現在時間，男主離開遺品庫後跟大家說明剛剛的情況，大家接下來開始想如何阻止魔法陣。後來黑谷提議的方法，是把自己網購的寶特瓶火箭打到投影機前，遮住一部分魔法陣來阻止發動。而趁大家組火箭期間，アーデルハイト連接了鍔姫的魔術迴路，想獨自打倒アーリック。
講結論，アーデルハイト被打倒，被アーリック用了羽毛遺品，自白了ルイ的所在地。不過，在アーリック使用鑰匙之前，因為黑谷的擔心，於是大家先把ルイ給移到春霞的房間，所以アーリック暫時找不到。
火箭組完後，大家前往夜之世界魔法陣。但中途遇到了第一部男主跟眠子遇過的怪物，而且這次噴的是真的火。最後是男主借用了滿琉的力量，跟靜春一起突破。雖然男主一樣PTSD發作，但黑谷的安慰讓男主感到懷念，不小心喊出了憂緒的名字，沒想到黑谷真的變成憂緒。
原來八音盒的力量讓憂緒穿越到過去，並以黑谷的樣貌出現，所以憂緒可以利用未來的記憶做準備。弄丟畫有小魔法陣的清單、準備火箭、提議移動ルイ等等，都是事先想好的，就連之前魔法陣上吸收魔力符號會無法順暢運作，都是化身成黑谷的憂緒做的手腳。
但同時香水也因為效期過了，讓アーリック順利找到了ルイ。殊不知，憂緒早已在ルイ床邊設置了反暗示魔法陣，所以アーリック要抓ルイ前一刻，暗示就被解除。之後ルイ以家主命令，繼續解決學園事件，跟男主一行會合，來到了夜之魔法陣跟齒輪的地點。
當然，人工生命體三人組也在。雖然二人用了第一部靜春用過的遺品--蛇神指套讓許多人無法動彈，但被ルイ解除；百花把火箭捏爛也不要緊，身為聲音的魔女，ルイ用共振就把齒輪弄粉碎，順便把三人組弄昏。但沒想到即使如此魔法陣還是存在，而且是被烙印在天上。
男主絕望的大喊後，很突然的アンデル就出現。アンデル使用了吉田用過的夢世界的遺品，把大家帶到了夢世界，並要大家選擇是否要知道真相，阻止雛一行人。
20年前的真相說穿了很簡單。アンデル為了可以讓賽蒂快速融入學校生活，於是用了自己「災厄的魔女」力量，改寫了大家的靈魂。但全校集會時，アンデル因為不安而造成魔術解除，大家變得不認識賽蒂，這就是眠子提到的「突然出現不認識的人」。著急的アンデル想再次改寫學生們的靈魂，但卻控制不住力量，反而讓大家的靈魂燒了起來。
但聽完這一切的滿琉，反而崩潰逃走，大家只好去找。不過アンデル指名憂緒跟男主留下。之後找到滿琉的是靜春，會逃跑是因為想起了一切--滿琉犯下了跟アンデル一樣的錯誤。當時滿琉聽到父母討論過是否要保持距離一段時間，怕寂寞的滿琉無意識的改寫了父母跟哥哥的靈魂，但一樣因為不安造成失控，所以有了成為男主心理創傷的火災。男主身體其實也在那火災重傷，是滿琉強行製作了部分身體，才會有男主現在的疾病，之後就是靜春的開導時間。
同時，アンデル也對男主說了滿琉也不知道的部分。アンデル在20年前的事件，被ラズリット施予魔法，不但靈魂得以續存，而且可以保留アンデル的意識，所以轉生後可以繼續拯救學生。但アンデル的靈魂是轉生在男主身上，而アンデル的意識甦醒時，男主已經開始懂事了，所以只能以幽靈方式出現。同時，男主的魔女之力已經開始覺醒，為了避免魔女之力過度膨脹造成災難，アンデル決定在男主跟他妹妹間建立魔術通路，把男主的魔力全部導向滿琉，這就是為何現在是滿琉才能用魔女之力，同時也解釋了為何男主能進去遺品庫: 男主的魔力隨時都是全部輸送到滿琉身上，一直都是0魔力的狀態。
過不久滿琉回來，アンデル切斷了男主跟滿琉間的魔術迴路，希望男主可以用魔女之力，拯救20年前的學生。而取回魔力的第一件事，是先解決掉那個犧牲西宿舍學生的魔法陣。
從夢世界回到現實世界，發現現實世界只過了幾秒。因為魔力即為靈魂之力，能操縱靈魂，也就代表著能操控魔力有關之物，所以男主命令已經醒來的雛不准動，並在ルイ的幫助下粉碎了魔法陣。
接下來到了時之空間，用了魔石還有男主的控制，順利修復了20年前所有人的靈魂，並跟這些夜之世界的學生還有小太郎告別，而這些人順利回到20年前。
ED後，是現在已經當父親的小太郎回來特室。小太郎因為入贅，所以女兒姓吉田不是姓烏丸。
