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現時進度，是甲21号作戰與國聯横濱基地守衛戰結束。
甲21号作戰，內容是攻略第21號巢穴--佐渡島巢穴，而這同時也是00單元的正式上場，也是在這章節，才顯示出00單元的研發必要性。
所謂00單元--純夏，除了具備ESP超能力外，同時也是量子電腦，同時身上還具有特殊媒介，可以在不接觸的前提下控制電子設備。ESP超與量子電腦的結合，使得純夏可以不碰到電子設備，光靠腦袋想著我要通過，就可以竄改密碼把電子鎖打開。也因為00單元的開發成功，美軍70年代所開發的對巢穴終極兵器--XG-70，日本稱之為凄乃皇弐型，得以實用化。
凄乃皇弐型周圍佈有卢瑟福力場，可以扭曲光線級BETA的雷射軌道，同時具備荷電粒子砲等多樣強力兵器，號稱單機即可制壓巢穴。但一般的人類根本無法操控這力場，一但開砲，人就會被力場壓成肉餅。但力場的控制對純夏來說不費吹灰之力，對可以非接觸操控電子器具的純夏來說，與其說是搭乘，把凄乃皇說成純夏的延伸手腳更貼切一些。
而甲21号作戰就是凄乃皇弐型的處女秀，政治方面的目的，就是要對alternative 5計畫做出毀滅性打擊。
作戰詳細階段省略不提，只提其中最重要的。雖然凄乃皇弐型一炮弭平了巢穴的地上部分，振奮了在場所有人的信心，但過不久卻陷入自閉狀態，凄乃皇也隨之停機，為了避免凄乃皇資訊被BETA得到，伊隅與柏木犧牲，凄乃皇自爆，把整個佐渡島給炸掉。
這樣的結果，無法完整達到當初甲21号作戰的政治目的；另一方面，男主了解了純夏當出會在機體裡昏倒的原因，表面因素是00單元的體內循環液ODL的異常快速劣化，真正原因是純夏在戰場時讀取到男主腦內的記憶，發現男主有在之前的世界跟其他女人上過床，造成純夏的混亂。
之後純夏一直躲著男主，甚至還要夕呼把男主調離前線，男主追問才知道，純夏死前一直被BETA賦予性快感，被凌虐到只剩腦袋脊髓，但當時純夏的心理已經是色情漫畫惡墮的女主，只想著要快感。在這世界的純夏其實是眼睜睜的看著這個世界的男主跟兵士級BETA搏鬥而死，因此成為像人類的00單元的現在，對於男主只有滿滿的愧疚。而這也可以解釋為何之前跟unlimited的男主在剛開始看到BETA時會昏倒。
接下來，是國聯横濱基地守衛戰。因為佐渡島的毀滅，殘存的BETA沒有反應爐可以補充能源，於是想侵略原巢穴的横濱基地，藉由現在還在運轉的反應爐來補充能源。雖說是殘存，但不是幾百隻的程度，而是上萬。
新的凄乃皇還在組裝，純夏也還在休養，再加上上次戰役才過沒多久，因此接下來戰鬥之慘烈自是不用贅述，戰術管制官的涼宮遙為了關閉反應爐而被BETA殺死，而速瀨水月想用S11炸彈炸掉反應爐時，發現BETA短時間內就知道了S11的弱點，把計時器拆除，推論出反應爐是不同巢穴間的溝通媒介，因此決定自爆把反應爐炸掉。
