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現時進度是OP2播放。第一章結束後是EP.X。一個瘋狂鍊金術師Dr. ゲゼルマン為了自己的實驗來虐待少年，被檢體44號。
進入第二章，首先是遠足的通知，這也是第二個可以拿到エンブレム的機會。但許多地方因為不明原因的「石喰い」的影響，整個國家變成了石頭，所以至今無法決定目的地。另外，也說了這學校所有學生都有的寶石的一些知識，而男主的寶石是屬於ルチル，少見的「怠惰」的意志。
學校還要求每個學生要參加社團，而根據男主組織宵闇聯盟提供的資訊，ゲゼルマン會去男主學校當科學部的顧問，另外還給了男主賢者之石的碎片，要男主到處去晃看有沒有反應。
一段時間的體驗入部的生活後，男主卻因為超額抽籤落選而沒進入科學部，只好進了自己擅長的射擊部。而當時體驗入部，一看到ゲゼルマン就昏倒的同學--獸耳天才少女メア入部了。メア似乎以前是ゲゼルマン的實驗體μ。
但任務還是得執行，於是男主夜晚潛入學校，用賢者之石碎片偵測到了科學部有反應，到達了地牢。預先丟東西探路後，發現被強大電流保護，只好先撤退。但到了一樓才發現有血跡、屍體，一出門，就遇到了來抓人的軍人。雖然最後抓到的是另一位潛入學園的間諜，但也是千鈞一髮。
獲救的男主，看到的是坐在樹上的，小時候玩在一起的女孩--ルビイ。ルビイ同樣是搶奪賢者之石，但不屬於男主的組織。
隔天，大家上學路上看到了被石化魔獸コカトリス石化的人，也因此遠足取消；取而代之的，是志願役招募。
昨天差點抓到男主的軍人--ネスター軍曹，對全校學生宣告了有關石喰い的真相。到去年為止フリギア帝國遭受TROY帝國的侵略，但今年停止，史稱七年戰爭。而戰爭停止的原因，是因為TROY帝國整個被石化了。原本以為石化的原因，是大家之前就知道的石化魔獸コカトリス所為，但受害範圍大到否定了這項假設，軍方後來查出的真相，是有一個叫メデューサ的組織，控制了更高階的石化魔獸--蛇龍バシリスク，造成了如此的災害。而志願役招募就是為了討伐バシリスク，命名為コブラ作戦。
而這志願役，ペガサス班全員參加。アリアンナ是因為父母希望她可以幫助世人才會參加，其他人一樣，就只是想轉班。
接下來進行甄選，這是因為在コブラ作戦裡，學校學生只負責洋動，洋動只需要左翼跟右翼，也就是兩個班的人數。剛好這時許多コカトリス入侵學校，於是軍曹想出了用斬殺コカトリス的數量絕頂哪兩個班要留下來。ペガサス班由メア發號施令，合作下殲滅了82隻，足足是第二名的9倍。但也有學生因為這一戰喪失了自信，導致所持有的寶石粉碎。
接下來是期末考，不過中間卡了一個博物學的期末報告。期末報告規定大家要分工，但ヴェオ卻堅持不肯合作，但ヴェオ只花了一天就把報告弄完。班導シャーロット知道這件事後，跑去找ヴェオ談了一下。
ヴェオ所在的獸人國家，有神狼大君的信仰，但禁止偶像崇拜。所以狼型獸人是禁忌，要嘛被供奉起來，要嘛被殺掉。ヴェオ也是被丟到深井，但卻靠著自己的意志生成了寶石，逃出了生天，遇到了剛畢業的シャーロット。數年後，ヴェオ習慣了獨居森林，再次遇到已經當老師的シャーロット，被強烈邀請到了學校。雖然シャーロット對ヴェオ保證可以單獨一班，最後卻沒辦法兌現承諾覺得抱歉，不過ヴェオ也沒那麼討厭現在的班級。
某天，遇到了有「治癒」意志的マークス妹妹ノア。當天晚上，男主再次潛入地牢偵查，結束後回程竊聽到老師與ネスター軍曹的談話，才知道會求助學園是因為軍方完全沒有寶石能力者，所以這一次的作戰有些力不從心。也從這場對話之到了，メデューサ裡除了蛇龍外，還有3個特級戰力--獸刃、殘雪、紅玉。男主聽到紅玉的特徵，很快就想到了ルビイ。
之後是大家快樂的聚集到男主房間進行考試複習，考試完接下來就是舞會，而男主到目前為止也就只能確保兩個エンブレム，所以只好跟長官提議計畫B。所謂計畫B是停止大電核，切斷地牢內強烈電流，以便可以潛入進去拿到賢者之石。
舞會當天，有「停止」意志的男主同僚，因為剛好是ダイヤ班某人的女友，所以順利潛入。但男主跟アリアンナ跳舞跳到一半，卻收到了無法停止大電核的聯絡，同時可疑的廣播響起，播報人是ルビイ。男主一陣不好的預感，拉著アリアンナ逃跑。
同時，待在學校的ネスター軍曹等軍方人士，收到了バシリスク突然從TROY國境瞬間移動到學校操場的報告，男主跟アリアンナ也剛好跑到操場--突然而又慘烈的戰鬥開始了。
獸刃跟ルビイ坐在漂浮的石頭上觀賞，バシリスク是由ルビイ控制。事出突然，連軍方拿出的預定用來對付バシリスク的最終武器電氣式榴彈砲也完全沒用，許多軍方與學生被石化。雖然アリアンナ驍勇善戰，卻也落了下風；當アリアンナ難過的質問ルビイ為何要做這麼過分的事，ルビイ就突然抓狂，命令バシリスク攻擊アリアンナ。
因為這些動亂，學校暫時處於停電狀態，但男主還是放棄賢者之石，用了自己真正的寶石能力，救了アリアンナ。在男主魔眼的注視之下，バシリスク成為了碎片。
但就在獸刃跟ルビイ要撤退的同時，メデューサ的領導者--ギメル就出現了。只見ギメル拿著隕星劍一揮，就招來了隕石，還造成了大量的石化。還輕鬆的石化了擁有強力寶石的班導シャーロット，ヴェオ雖然氣的衝過去，但卻因為ギメル的一句嗆聲就失去信心，使不出能力。接下來，ギメル對大家發了宣戰布告，揚長而去。
而這場戰鬥，造成了學校三成校地石化，學生半數退學，進OP2。
