2/08 [19:30-20:05][21:00-22:25] 2/09 [20:15-21:35][23:20-00:15]
2/10 [21:20-23:00][23:45-00:40] 2/11 [20:55-21:15]
total: 7hr 10min
故事的開始，是久我 滿琉收到了一封「私立天秤瑠璃学園」的入學通知，裡面夾著的一封寫著「有想實現的願望嗎」的信，以及隨之出現的光鳥，想到了自己的哥哥與自己的願望，讓滿琉湧起了興趣。
而入學的男主一到學校，為了救下從2樓掉下去的烏丸 小太郎，踏破了銅像當跳板抱住了小太郎。入學典禮結束後，男主就被廣播叫到學園長室，小太郎也以為是因為銅像的事，於是跟男主一起去了。
然而，蘿莉學園長--九折坂 二人，卻沒有給兩人任何懲罰。只是先給男主滴了水，發現沒反應後疑惑了一下，再問入學通知有沒有看到鳥，不過男主隱瞞了這件事。而學園長只是給了地圖要兩人過去某個地方找某個人。
結果男主跟小太郎繞了半天，要到放學時間了還沒找到，還被風紀委員村雲 静春喝斥，因為這裡的學生晚上一定要回宿舍，社團活動也一定是在大樓裡進行。不過另一名風紀委員壬生 鍔姫出現，知道學園長指示，還跟兩人說怎麼走。
但走到一半，卻出現了走路的鏡子。怕的要死的小太郎跟不知道怎麼辦的男主，遇見了在早上也遇見過的鹿ケ谷 憂緒，用了符咒讓鏡子消失。
隨著憂緒的一點解釋跟兩人親眼所見，這學校一到晚上便會因為魔術產生劇變，變成夜之世界，還有不同校服的夜之居民來上學。而學園長要兩人找的就是憂緒，憂緒所擔任的特殊事案調査分室，則是處理這學校因魔術而起的特殊事件，進OP。
進入第二章， 一個叫春日 真由美的夜之居民的學生，不知為何多了一個懷錶，以及弄丟了鑰匙，被一個路過的妖精幫助。
另一方面，昨天在那之後，男主跟小太郎依然找不到說完話就閃人的憂緒以及特殊事案調査分室(簡稱特室)。到了隔天，兩人聽說了在走廊上一閃而過的幽靈的傳言，放學後真的跟風紀委員兩人組遇到了幽靈，但壬生卻追丟了。
和風紀委員分開後，好不容易找到了圖書館以及在裡面的特室，也找到了憂緒。不過憂緒懶得跟兩人多解釋，要兩人去找圖書館另一個叫リト的人。リト解釋，這學校是クラール・ラズリット創立，目的是對魔女的集中、保護，還有魔術的保存，遺品的封印。所謂魔女，是魔力特別多的人，不過一般人也會有魔力跟魔力抗性。而這學校本身就是巨大的魔術裝置，一到夜晚就會與異世界「夜之世界」相連，至於遺品則是在這學校被封印的魔術道具，會被保存在比地下圖書館還下面的保管室。遺品會因為人的願望而四處亂跑，所以需要由特室來處理遺品，昨天的鏡子就是一個遺品；而至於男主會被叫來的原因，是因為男主踹破的銅像是可以大幅降低遺品亂跑的魔術道具，算是給男主的責任。
男主跟小太郎回到特室後，剛好遇到了擔心男主兩人還沒找到地方的壬生，閒聊一會後便回去，卻不小心掉了手銬。正當男主用手銬跟憂緒銬在一起玩的時候，那個幫助真由美的妖精便出現搶走了手銬鑰匙。
於是兩人就尷尬的去找妖精，沒找到只好到男主家吃晚餐，兩人銬在一起睡覺。
隔天，學校一堆人鑰匙不見，包括了同班吉田同學弄丟了禮拜堂鑰匙，看來就是妖精的鍋沒錯了。問過リト後，知道有一個懷錶遺品，打開蓋子後就可以召出幫忙找遺失物的妖精。但如果魔力不夠驅使妖精，則會消耗使用者體力作為代償，久了會昏倒甚至危及性命。
於是一行3人立刻去找，中途遇到妖精追著它跑，找到了正在驅使妖精的春日 真由美，但真由美只說了兩三個字便昏倒了。
把真由美扛回去給リト看，確定還可以撐三天，便開始推理遺品所在處。最後推測出是禮拜堂。但禮拜堂的鑰匙已經被吉田弄丟了，去禮拜堂後，男主確定破壞可以最快解決事件，便一腳把門踹破一個洞，把裡面的鎖打開，經由也在場的夜之學校的學生風呂屋町 眠子的幫助下找到了蓋子開著的懷表，蓋上蓋子並由憂緒封印，跟學園長報告，算是解決了事件。
但就在蓋子蓋起來，妖精消失的那一瞬間，它正拿著的鑰匙也掉到了地上，這也是第三章的開端--學園長的一個鑰匙狀的遺品不見了，於是把男主跟小太郎找來。這遺品可以藉由魔力，將使用者瞬間轉移到任何地方，但萬一沒有魔力了，就會隨機傳送了。
回到特室跟憂緒討論時，剛好兩個夜之學校的學生來找憂緒，說是眠子突然失蹤，走廊上遺落她的包包。檢查包包後，發現裡面有一個鑰匙。去問了リト後，確認那就是學園長說鑰匙，在リト的判定下，由魔力量可以用鑰匙7、8次的小太郎來使用，目的地是眠子所在處。
但一開門是一個廣闊無邊的草原，可是リト又信誓旦旦的說因為結界的關係，鑰匙能到的地方絕對不出學校。於是憂緒決定由小太郎去找學園長，自己跟リト調查那是什麼地方。
就在憂緒離開後，男主聽到了開著的門裡面傳來悲鳴，於是男主衝進救人，並拿走鑰匙，而小太郎留在圖書館。
男主公主抱眠子，逃離布偶怪物的追趕，之後兩人一直在這奇妙的空間到處探索，遇到了殭屍、看不見的牆、非常高的樓梯等。至於眠子，自從上次目睹男主的一踹後，就對男主心動動，而這一次的公主抱、以及後來眠子掉到湖裡，男主拿自己衣服給眠子穿之後的半裸模樣，都讓眠子妄想不止。
就在男主跟眠子在這奇妙空間過了一夜後，決定要爬那高樓梯。爬到中途的平台休息時，出現了會噴火的怪物。火其實不會燙，但讓男主想到過去的心理創傷，進而暈倒。
暈倒後，兩人被傳送到階梯底部，男主醒來後看到眠子沒事忍不住抱住了她，卻又因為想吐馬上推開了眠子。眠子看男主不太舒服，給男主膝枕。男主提到了父母因火災喪生，讓眠子知道男主也有脆弱的一面，而不單單是白馬王子而哭了出來。
休息過後，兩人再攻略一次怪物。男主注意到怪物附近有一個緊急停止按紐，於是由眠子當誘餌，男主衝過去按，順利讓怪物消失。之後到了最高層，再次遇到了之前遇過的幽靈。幽靈拿出了一樣的鑰匙，把兩人送回了夜之學校。
之後就進入了眠子線。完全戀上男主的眠子，知道兩人獨處的時光快結束了，於是鼓起勇氣問男主有沒有女友，並立刻告白。這麼突然男主當然很困擾，於是說了這應該是吊橋效應。
回到特室的男主被憂緒罵一頓後，特室就幾乎沒再遇到什麼難纏的事件，都由憂緒快速處理掉了。至於眠子，則是一直思考怎麼讓男主喜歡上自己，也問了同學，還直接殺到特室問，而小太郎建議可以做便當。至於憂緒則是告誡男主，畢竟是兩個不同世界的人，無法像一般情侶一樣無時無刻待在對方身邊。
某天，男主不小心擦傷了額頭，於是去了保健室。錯過的眠子聽了特室的兩人說了男主的行蹤後，馬上衝去保健室照顧男主，還情不自禁的親了額頭，又自顧自的慌慌張張跌倒。男主見眠子總是冒冒失失，卻也為了自己一喜一憂，於是繞著彎子接受告白，但也跟眠子說了兩人是不同世界的人，只有晚上能見面。
交往開始後，眠子的內心小劇場還是跟交往前一樣多，每次一被叫名字或是牽手都會害羞不已，但有時又會突然說想要男主內褲。之後是リト出歪主意說可以試試生小孩，同學也覺得沒什麼不好，過不久後就會有H場景。
