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這一線依然會知道玲音就是攻擊C-AI的犯人，但不會在玲音裝病時送她到保健室，就會進入ラナ線。這一次的ラナ線，依然有ラナ發現ツクヨミ是機器人跟男主回復記憶的橋段，但順序與過程不太一樣。
首先，男主看到了電視上正在採訪的研究記憶的權威，下決心想探究失去的記憶，但目前的線索只有共通線時ソフィア有提到過男主以前曾經住過院(這些都是無印版沒有的劇情)。ラナ剛好也在這時打電話找男主一起出去巡邏(而不是無印版直接闖到男主家)，不過男主猜得出來ラナ就是想要兩人一起玩。
於是到了百貨公司，一起試了衣服，還吃了ラナ做的便當。但當男主下定決心問過去的回憶時，ラナ卻著急的希望男主不要想起來，男主一堅持還哭了出來並跑開，但男主依然沒改變心意。
回到家，男主要ツクヨミ用VR再現小時候的街道。跟無印版一樣，當男主來到洋房時就感覺到一陣頭痛；堅持打開門後，回憶就一湧而出。當時男主跟ラナ來傳說鬧鬼的洋房探險，當男主打開鎖時，被擅自寄住的流浪漢發現暴打一頓，之後男主被送醫，這就是共通線ソフィア提到的住院。
一想起這些，男主就坐不住，立刻衝到公園找到了ラナ說了自己已想起來並告白。ラナ當然接受，隨後兩人散步時，提到就是當年洋館事件讓自己後悔莫及，所以想當偵探，希望可以藉由大家輕鬆態度的委託，察覺異狀進而阻止憾事發生。而當時男主的開鎖，可能也是無意識讓男主往駭客方向發展的原因。
隔天男主與ツクヨミ出門要上學時，ツクヨミ發現有人躲藏，ラナ只好現身。ラナ知道自己躲在死角，人類無法發現自己，再從ツクヨミ的言行舉止，判斷ツクヨミ是超前好幾個世代的機器人。
到了學校，老師希望ラナ接受電視台採訪當時對付oldman的事件。中午，霧香找到了男主，確認了男主跟ラナ交往的事實後一陣失落，剛好ラナ也出現，於是男主便把霧香介紹給ラナ。當天的採訪，ラナ在最後還把男主拖進來一起介紹。當天放學後兩人遭到愛彩梨跟蹤，抓到後愛彩梨才表明來意。原來愛彩梨希望可以在直播跟ラナ合作，同時拓展兩人的客源。
晚上到ラナ家觀看播出版本時，卻發現男主那一段完全被剪掉了。順帶一提，男主發現ラナ的電腦開機時，啟動了一個名叫「sherlock」的程式。之後兩人想親熱但ソフィア回到家，ラナ只好照顧連夜工作的ソフィア。
隔天中午時，找了愛彩梨討論詳細企劃案，不過玲音闖入，看了愛彩梨擬定的計畫就全盤否定，另外提出了讓ラナ跟愛彩梨一起主持學校廣播的企劃。希望藉由這個企劃跟新開發的匿名投稿系統，可以從中發現學校潛藏的問題，防止oldman事件再發生。
過了大約一禮拜後，廣播正式開始。結束後去找了玲音討論，還知道了玲音拜託科學開發部開發搭載AI的小型動物機，還具有無線連網功能。放學，男主與ラナ回家時，ラナ說了過去在英國時，曾有一個要好的朋友，但卻因為父親謊稱母親生病所以去偷錢，剛好就是ラナ搜查的案件，這也是下定決心要當偵探的另一個契機。
之後兩人一起去了ラナ家，又被ソフィア纏上。因為ソフィア愛喝但酒品很差(和無印設定不同)，結果最後三人睡在客廳地板。早上醒來後出門前，ソフィア很擔心的問最近都沒維護，ラナ只是輕描淡寫的說沒問題。男主出門後問維護是什麼事情，ラナ也不想說。
出門後看到的廣告，是記憶輔助晶片夏洛克，號稱可以將人的記憶保存雲端，但ラナ似乎有許多感觸。到了學校上課途中，大家的電腦突然都當機、其他的電子設備也停擺，男主用自己的技術打開電子所後，遇見了也在處理這件事態的ラナ與玲音。男主跟ラナ去幫忙所有班級解鎖，到了霧香的班級時，愛彩梨提到了班上的科學部的同學在意外發生前就離開教室，還有人看到一台機器蜘蛛到處走。在男主找到了部員後，才知道是機器蜘蛛被入侵，到處在學校內的主機散播病毒，玲音警告男主這很可能是因為之前男主揭發了違法手機跟oldman事件後，有其他駭客想測試這學校兩人組的能耐。
之後好不容易抓到了機器蜘蛛，發現裡面的AI被改寫。沒想到ラナ當場靠著前幾天看到的記憶把裡面的程式碼通通改回原樣，讓眾人驚訝不已。而男主也以牙還牙，在網路上揭露了犯人。但事件解決沒多久，男主就收到ラナ昏倒的消息。
趕去探望後，雖然ラナ很快就恢復正常，但男主看穿ラナ有隱瞞之事。到屋頂詢問後，才知道ラナ腦部有先天性疾病，記憶只能保存一小段時間，如果不治療的話大腦知識會停留在大約5歲，甚至有生命危險。當年小時候會來日本，就是為了動記憶輔助晶片的手術，也就是現在要上市的夏洛克的原型機。但原型機也有缺陷，還是得不時刪除資料，不然會有像剛剛的昏倒，以及記憶缺失問題。之後男主安慰，可喜可賀的交往。
過了幾天後，ラナ邀男主約會，去了卡拉OK後到了公園，ラナ跟男主說了自己當偵探的一個重要目標--抓到流浪倉鼠。在當年，流浪倉鼠揭發政治家醜聞同時，由該政治家贊助的許多醫學研究--包括夏洛克--也隨之停擺，當時開發夏洛克的的里雅斯公司也把當時的研究團隊通通fire掉，包括了ラナ的姐姐ソフィア。原本ソフィア希望可以藉由對夏洛克的貢獻，讓妹妹可以有實裝正式產品的夏洛克的優先權；結果不但沒能繼續研究，還流落在外包的外包工作，每天過勞寫程式。
而當年男主進行駭客的同時，有關夏洛克的資料也被竊取了許多，因此開發主持人--也就是這一線男主一開始看電視看到的伊澄聖一博士，重新組成新團隊後，又過了10多年才再度實用化。
男主雖然肯定偷資料不是自己做的，但想到自己也有分就心如刀割，但終究無法當場坦承自己的罪行。男主將這件事告訴了隨後遇到的霧香跟玲音，霧香鼓勵男主，玲音指出如果自首就是踐踏對方感情。過不久，男主接到ラナ電話，說是姐姐過勞倒下。去探望過後，男主決定要抓到那一位偷資料的犯人，這裡暫且稱為「影」。
簡單的做了一些調查，這個影不只是夏洛克，還四處偷竊AI相關資料。過幾天ラナ來男主家，說是可以見聖一博士拜託他保養，男主跟ラナ趁這機會，旁敲側擊當時的情況。另外，雖然換新機體可能可以解決現在問題，但為了全世界人的安全性，新型捨棄了跟ラナ原型機的相容性，所以換機有可能造成舊記憶無法保存。
得到的新資訊，是聖一博士當年認為這很有可能是內部犯所為，所以舊團隊的人都沒被找回來繼續研究；另一點，在網路上保存的記憶，還有夏洛克的資料本身，是由另一個AI--BIG-SYS保護。
回到家，男主立刻跟ツクヨミ一起入侵BIG-SYS，但立刻就被影發現，還被鎖定身分，於是男主只好和ツクヨミ一起逃亡。因為影把男主家斷電並把外頭搞得亂七八糟，男主跟ツクヨミ逃到了學校屋頂，而這也被ラナ推理出來，在學校找到了男主。男主當場攤牌，用流浪倉鼠表演了駭入無人車，之後命令ツクヨミ帶自己逃走。
但跟ツクヨミ躲到了隔天，依然被ラナ推理出現在男主躲藏地，並拜託玲音送些物資給男主，還提醒男主要看今晚跟愛彩梨的直播。ラナ在直播中表示會去了解流浪倉鼠的過去，而男主跟ツクヨミ到了家後，在她房間找到了事先錄好的影片，說了自己對流浪倉鼠的推理。
男主雖然在屋頂上把揭露政治家與偷資料都攬在自己身上，但ラナ認為偷資料應該另有其人。而唯一可能的犯人，就是開發夏洛克的附屬醫院研究所的人，當時會自導自演的理由，很可能是因為夏洛克有其他不能為人知的祕密。而影片的最後，則是希望男主可以繼續陪伴在自己身邊。
同時間的ラナ，正利用自己的對男主動作跟程式碼的記憶，入侵了附屬醫院研究所，闖進了保存記憶的中樞。沒想到在那等著的，就是聖一博士，同時顯示螢幕上寫著令人震驚的事實--利用BIG-SYS AI系統，進行記憶的刪除或改寫。
原來博士開發記憶晶片的初衷，是希望創造沒有惡人的世界。為此，在腦內植入晶片，將對人的精神造成負擔的記憶消去以滅絕惡人產生的可能性，將被施惡的記憶消去，以避免好人的心靈創傷。
但ラナ認為即使沾染罪惡，能面對過去重新出發才是人類的可貴。博士看ラナ不服從，立刻停止ラナ的晶片讓她昏倒，但同時，男主也正在行動。
原來ラナ留下的影片也預告了自己將侵入研究所，希望男主能利用現在在用這部電腦保護自己的記憶，當作研究所犯罪的證據。男主立刻行動，但同時影也出現了，真身正是ラナ姊姊ソフィア。
原來ソフィア在被炒掉後，也再次調查當時事件，也發現了夏洛克的秘密。但博士可以控制ラナ的腦內晶片，而且也承諾開發新版的夏洛克給ラナ使用。為了妹妹，ソフィア捨棄了正義感，為了守護BIG-SYS當起了影。ソフィア甚至也植入了別的用途的夏洛克，可以連接AI增幅大腦處理能力，這就是為何可以入侵多個企業AI，就連世界最強駭客的男主入侵都可以立刻抓到男主的原因。
男主跟ソフィア同時到達ラナ網路上的夏洛克記憶區塊，但卻加了密，密碼提示是ラナ偵探的第一個委託人。兩人試了半天，男主才突然想起來小時候，ラナ抱著一隻走丟的小貓在哭，於是兩人約定為這隻貓找到媽媽，而這隻貓的名字就是密碼。
ソフィア失敗，男主拿到ラナ記憶，聖一博士意識到自己失敗，馬上想幹掉ラナ，卻被闖進來的ツクヨミ打倒。之後ラナ醒來，在ソフィア的攙扶下走出研究所，男主迎接。
後日談，夏洛克的真相全部在網路上公開後，由AG公司接手繼續開發，也保證了會維護ラナ的原型晶片。聖一博士被逮捕，而ソフィア也替男主頂下了流浪倉鼠的罪名，但即使如此，ソフィア還是希望男主可以讓ラナ幸福。
